水杉叶绿体基因组同义密码子使用偏好性
王茹1
罗永坚1
刘相泉1
卢新雄2
尹广鹍2
邓志军3
1.生物资源保护与利用湖北省重点实验室,湖北 恩施445000;恩施州特色植物资源种质工程技术研究中心,湖北 恩施445000;湖北民族大学 林学园艺学院,湖北 恩施4450002.中国农业科学院 作物科学研究所,北京1000813.生物资源保护与利用湖北省重点实验室,湖北 恩施445000;恩施州特色植物资源种质工程技术研究中心,湖北 恩施445000;湖北民族大学 林学园艺学院,湖北 恩施445000;中国农业科学院 作物科学研究所,北京100081
摘要：水杉(Metasequoia glyptostroboides)是杉科水杉属唯一现存的孑遗种,也是我国一级保护的濒危特有树种,对其叶绿体基因组密码子使用偏好性及其主要影响因素进行分析,有利于水杉叶绿体基因组学研究、物种保护和种质创新.从在线数据库下载完整的水杉叶绿体基因组序列.共筛选出57条蛋白编码序列.总的GC平均含量和密码子第3位碱基的GC平均含量分别为37.44％和26.79％,密码子适应指数平均值为0.61,有效密码子数平均值为46.55,表明水杉叶绿体基因组密码子使用具有较弱偏好性.ENC-plot、PR2-plot分析及中性绘图分析表明,影响水杉叶绿体基因组密码子使用偏好性的最主要因素为自然选择.高频密码子有31个,高表达密码子24个,既是高频表达又是高密度表达的最优密码子有10个.
关键词：水杉叶绿体基因组同义密码子使用偏好性碱基组成自然选择最优密码子
分类号：Q755(分子遗传学)
资助基金：国家自然科学基金(31860073)生物资源保护与利用湖北省重点实验室开放基金项目(PT012008)
论文发表日期：2022-06-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 121-128 )
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