联合TCGA和GEO数据库构建由circRNA介导的非小细胞肺癌特异性竞争性内源性RNA网络
刘金婵1
许德华2
李让3
唐田书1
陈铭1
陈晓琳1
饶绍奇1
1.523808 广东省东莞市,广东医科大学公共卫生学院医学系统生物学研究所2.广东省广州市黄埔区疾病预防控制中心3.重庆市合川区疾病预防控制中心
摘要：目的 通过整合多组学公共数据,构建由circRNA介导的非小细胞肺癌(NSCLC)特异性ceRNA网络并识别与NSCLC 患者预后相关的生物标志物.方法 首先,按|log2(Foldchange)|>1 和 adj-P<0.05 的标准,对circRNA、miRNA、mRNA 数据进行差异分析,获得差异 circRNA(DEcircRNA)、miRNA(DEmiRNA)和 mRNA(DEmRNA),使用秩集聚法整合确定最优的 DEcircRNA.然后,利用 miRanda、RNAhybrid 算法确定 DEcircRNA-DEmiRNA的调控对,使用 miRTarbase 数据库确定 DEmiRNA-DEmRNA 调控关系,由此构建由 DEcircRNA 介导的NSCLC特异性ceRNA网络并提取核心子网络;最后,对子网络进行GO和KEGG富集分析以及生存分析,以阐明其生物学和临床意义.结果 通过对circRNA、miRNA-seq、RNA-seq及临床信息进行分析,构建circRNA-miRNA-mRNA网络并提取了核心子网络(含8 个DEcircRNA、10 个miRNA和38 个mRNA),即NSCLC特异性ceRNA子网.GO分析显示子网主要参与中性粒细胞激活参与免疫反应、核受体活性等过程;KEGG显示集中于MAPK信号通路和p53 信号通路等通路.最后,生存分析得到子网络中显著影响 NSCLC 患者预后的 14 个基因(ANGPTL4、FOXM1、HMGA2、HOXA1、OPRM1、PMAIP1、LDHA、TWIST1、MTFR1、PLK1、MAP3K8、TGFBR2、BTK 和 CX3CR1).结论 构建了由circRNA介导的NSCLC特异性ceRNA网络具有明确的生物学意义和临床意义,为进一步开展NSCLC相关机制和预后标志物研究提供了基础数据.
关键词：非小细胞肺癌竞争性内源RNA多组学数据网络生物学预后生物标记物
分类号：R734.2(呼吸系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81373085)广东医科大学基金(STIF201122)
论文发表日期：2023-04-10
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 971-975 )
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