基于生物信息学分析关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及意义
陈利军
张天明
第伍丹琲
刘蓓莉
王虹
730030 兰州市,兰州大学第二医院呼吸科
摘要：目的 应用生物信息学方法探究关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及临床意义.方法 利用GEO2R在线工具分析GSE17681 数据集中肺癌样本和对照样本的差异表达miRNA.利用miRTarBase数据库预测排在前 3 位的上调和下调miRNA的靶基因.利用DAVID数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析.通过STRING数据库构建靶基因间的蛋白互作网络及miRNA-基因互作网络,然后利用Cytoscape软件的cytoHubba插件分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因.利用UALCAN数据库分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因在肺鳞癌中的表达.最后利用Kaplan-Meier Plotter工具分析关键miRNA对肺鳞癌生存状况的影响.结果 共筛选出 116 个差异表达的miRNA,包括93 个上调miRNA,23 个下调miRNA.预测了前3 位上调和下调miRNA的1282 个靶基因,参与了肺鳞癌的相关通路,如癌症途径、MAPK信号通路等.通过miRNA-基因互作网络筛选到上调和下调的关键miRNA为hsa-miR-19a和hsa-miR-126,其调控的Hub靶基因分别为TNF、PTEN、MAPK1、ESR1、CCND1、AKT1、ACTB、TP53、VEGFA和TFRC、SOCS3、MYC、MAPK8、HNRNPDL、FOXO3.与正常组比较,肺鳞癌组hsa-miR-19a调控的Hub靶基因PTEN、MAPK1、ESR1、ACTB表达降低(P<0.05),TP53、VEGFA表达升高(P<0.05);肺鳞癌组hsa-miR-126 调控的Hub靶基因SOCS3、FOXO3 表达降低(P<0.05),TFRC、MYC、MAPK8 表达升高(P<0.05).与正常组比较,肺鳞癌组hsa-miR-19a表达升高(P<0.05),hsa-miR-126 表达降低(P<0.05).Kaplan-Meier Plotter分析结果示,肺鳞癌中hsa-miR-19a高表达组总体生存期高于低表达组(P<0.05),hsa-miR-126 高表达组总体生存期低于低表达组(P<0.05).结论 hsa-miR-19a和hsa-miR-126 是肺鳞癌发生发展中的关键miRNA,可能作为肺鳞癌早期诊断和预后的有效生物标志物.
关键词：生物信息学miRNA肺鳞癌靶基因
分类号：R734.2(呼吸系肿瘤)
资助基金：兰州大学第二医院萃英科技创新计划项目(2020QN-23)
论文发表日期：2023-08-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 2422-2426 )
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