基于生物信息学分析炎性肠病差异基因表达及ceRNA调控网络
郝帅1
贺娜2
冯巩3
张粉娜2
杨永勤2
1.710006 西安市,西安医学院第一附属医院;西安医学院2.710006 西安市,西安医学院第一附属医院3.西安医学院全科医学研究所
摘要：目的 炎症性肠病(inflammatory bowel disease,IBD)是一种慢性肠道炎症性疾病,因其发病机制复杂、病因不明等因素,严重影响患者的生活质量.竞争性内源性RNA(ceRNA)在免疫调节中具有重要作用,构建1个ceRNA免疫调节网络,探讨其在IBD机制研究、临床诊断和治疗中的潜在作用.方法 检索GEO数据库与IBD相关的数据集GSE59071、GSE36807和GSE75214,使用R语言分析差异表达基因(DEGs),并通过starBase数据库、miRTarBase数据库和miRDB数据库预测DEGs的miRNA,LncRNADisease数据库预测IBD相关的lncRNA,使用Cytoscape软件构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络.使用DSigDB数据库预测关键基因的药物分子.结果 纳入炎症性肠病样本305例和健康样本40例,共筛选出150个共表达DEGs.功能富集分析(GO)显示多数DEGs参与对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应和细胞对生物刺激的反应的生物过程.KEGG通路富集分析显示,DEGs主要集中在IL-17信号通路、补体和凝血级联与TNF信号通路等多个信号通路.通过starBase数据库、miRTarBase数据库和miRDB数据库预测的靶向miRNA和LncRNADisease数据库预测的lncRNA构建1个包含2种lncRNA、104种miRNA和133种mRNA的ceRNA调控网络.同时预测了黄体酮CTD 00006624等关键基因的药物分子.结论 研究分析了 IBD差异表达基因的生物学功能,并构建了 1个与IBD相关的ceRNA调控网络,为IBD发病机制的研究提供了新方法和思路,以及为IBD的诊断和有效治疗提供潜在分子靶点.
关键词：IBD生物信息学分析竞争性内源性RNA
分类号：R349.64(基础医学)
资助基金：陕西省自然科学基金(S2021-JC-YB-2078)
论文发表日期：2025-04-26
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 533-539 )
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