基于GEO数据库筛选胃癌诊断和预后的关键基因及验证
钟旺佶1
褚明亮2
刘杰民3
1.550025 贵阳市,贵州中医药大学研究生院2.贵州中医药大学第一附属医院检验科3.贵州省人民医院消化内镜科
摘要：目的 应用生物信息学方法分析和筛选与胃癌诊断和预后相关的生物标志物.方法 从基因表达综合(GEO)数据库获取人胃癌数据集GSE103236和GSE79973.通过在线工具GEO2R和仙桃在线数据平台绘制韦恩图并筛选数据集重叠的差异表达基因(DEGs).利用微生信在线数据分析平台对重叠DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.通过STRING在线工具构建蛋白互质相作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,并用Cytoscape软件及插件分析PPI网络筛选出排名前十的关键基因.使用基因表达谱交互式分析(GEPIA)数据库、人类蛋白质图谱(HPA)数据库、Kaplan-Meier plotter数据库和肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库进一步探索关键基因,进行预后分析.结果 GSE103236和GSE79973数据集中有161个重叠DEGs,DEGs主要与蛋白质消化吸收、组织重构、细胞外基质受体相互作用等途径有关.经过PPI网络分析得到10个关键基因,使用GEPIA数据库、Kaplan-Meier plotter数据库进一步分析后,筛选出9个与胃癌预后相关的关键基因,分别是COL1A1、THBS2、COL5 A2、BGN、LOX、APOE、TIMP1、SPARC、COL10A1.这9个基因都在胃癌中高表达,且与胃癌患者的不良预后有关.TIMER数据库显示绝大部分关键基因与免疫浸润有关.结论 COL1A1、THBS2、COL5A2、BGN、LOX、APOE、TIMP1、SPARC、COL10A1可能是与胃癌发生发展的有关的关键基因,可能是胃癌诊断标志物和潜在治疗靶点.
关键词：生物标志物生物信息学分析胃癌
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(82060850)
论文发表日期：2025-09-26
在线出版日期：2025-10-24（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 1413-1419 )
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