基于生物信息学方法构建肝癌患者预后相关内源竞争RNA调控网络
李忠
吴二斌
邹善贵
李彬彬
赵明恩
段宏罡
平顶山市第一人民医院普外二科,河南 平顶山 467000
摘要：目的:基于生物信息学方法探索肝细胞癌相关的差异表达基因(DEGs),并构建预后相关内源竞争RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络.方法:利用数据集GSE89377,筛选肝细胞癌不同发展时期的肿瘤组织与正常组织间的差异表达基因;通过GEPIA,HPA数据库探究DEGs的mRNA和蛋白在肝细胞癌中的表达,及对患者预后的影响;随后通过Cox回归分析,筛选可独立预测患者预后的关键基因;进一步通过GO和KEGG富集分析探索关键基因相关信号通路.最后,通过miRmap、miRWalk和Targetscan数据库预测关键基因的上游微小RNA(microRNA,miRNA),并筛选预后相关miRNAs;通过Starbase和Lncbase预测重要miRNAs的LncRNAs,并筛选预后相关LncRNAs.以此构建影响肝癌患者预后的差异基因-miRNA-LncRNAs的ceRAN调控网络.结果:韦恩分析及表达分析发现,4个DEGs在肝癌组织及正常组织间差异表达,即AKR1B10、LAGLS4、MUC13、IGFALS;其中,AKR1B10高表达可独立预测肝癌患者不良结局;共预测到5个AKR1B10的上游miRNA,其中miRNA-486-5p与AKR1B10的表达呈显著负相关,其低表达可降低肝癌患者的总生存率;共预测到4个miRNA-486-5p的lncRAN,生存分析显示RAB30-AS1的表达影响肝细胞癌患者的预后.通过上述分析,构建了影响肝癌患者预后的ceRAN调控网络,即AKR1B10-miRNA-486-5p-RAB30-AS1.结论:通过生物信息学分析,构建了肝癌患者预后相关ceRAN调控网络AKR1B10-miRNA-486-5p-RAB30-AS1,有望成为肝癌治疗的新策略.
关键词：肝细胞癌差异表达基因预后内源竞争RNA调控网络
分类号：R735.7(消化系肿瘤)
论文发表日期：2023-03-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 521-526 )
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