基于离散平稳小波分解和递归零空间LDA算法的SELDI蛋白质谱特征选择
祝磊1
王尧佳1
韩斌1
厉力华1
柯激情1
孟旭莉2
1.杭州电子科技大学生命信息与仪器工程学院,浙江杭州,3100182.浙江省肿瘤研究所,浙江杭州,310022
摘要：目的 针对如何筛选与肿瘤相关的蛋白位点问题,提出一种基于平稳小波变换与递归零空间LDA算法相结合的特征选择方法.方法 首先对样本质谱数据进行平稳小波变换；接着基于递归框架调用零空间LDA算法,挑选出最具判别意义的小波系数特征；然后经平稳小波逆变换,将挑选出的小波系数特征对应回原始蛋白质谱数据中,获得与肿瘤判别相关的蛋白位点.最后,运用SVM分类器估算位点的分类性能.结果 在卵巢癌公共数据集OC-WCX2b和浙江省肿瘤医院乳腺癌数据集BC-WCX2a上分别挑选出与肿瘤判别相关的6个和2个蛋白位点.结论 本文提出的算法能够有效提取出具有较好判别效果的蛋白质谱位点,有助于癌症的辅助诊断.
关键词：蛋白质质谱特征选择离散平稳小波变换零空间LDA
分类号：Q789(基因工程（遗传工程）)
资助基金：国家自然科学基金(60801054)浙江省公益性技术应用研究计划(2010C33017)浙江省医药卫生科学研究基金(2010KYA041)
论文发表日期：2012-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
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