仿刺参昼夜节律相关基因的筛查和表达分析
刘晓鲁1
孙景春2
高焕鑫3
林承刚2
1.中国科学院海洋生态与环境科学重点实验室,山东青岛266071;中国海洋大学海洋生命学院,山东青岛266003;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室,山东青岛266237;中国科学院海洋大科学研究中心,山东青岛266071;中国科学院海洋牧场工程实验室,山东青岛266071;中国科学院大学,北京1000492.中国海洋大学海洋生命学院,山东青岛266003;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室,山东青岛266237;中国科学院海洋大科学研究中心,山东青岛266071;中国科学院海洋牧场工程实验室,山东青岛266071;中国科学院大学,北京1000493.中国海洋大学海洋生命学院,山东青岛266003;青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室,山东青岛266237;中国科学院海洋大科学研究中心,山东青岛266071;中国科学院海洋牧场工程实验室,山东青岛266071
摘要：为研究仿刺参昼伏夜出行为节律的内源性调控机制,需要先筛查出仿刺参是否具有能够调控生物节律的生物钟基因.本研究通过Blastp,将KEGG数据库中哺乳动物和果蝇的昼夜节律通路成员基因与仿刺参全基因组进行同源比对,筛选仿刺参基因组中的同源生物钟基因,并参考不同光照条件下仿刺参触手转录本数据,对相关基因在不同光照条件下的表达量进行初步分析.结果显示,在仿刺参全基因组中找到了绝大部分具有较好注释的同源候选生物钟基因,包括CLOCK(Circadian Locomotor Out-put Cycles Kaput)、BMAL1(Brain and Muscle Arnt-Like 1)/CYC(Cycle)、TIM(timeless)等,但 PER(Period)和DEC(class B basic helix-loop-helix protein 2/3)基因未能匹配到有效的同源基因;转录本的数据表明,在120 lx光照1 h与120 lx光照5 min比较组中(Lt1h∶Lt5m),发现只有CLOCK基因具有显著的下调表达(log2FC=-1.1209),其他生物钟基因如BMAL1/CYC和TIM,虽然不具有显著表达差异,但仍然具有下调表达的趋势,而相关基因的下调表达具有减弱生物活动的效应.上述结果表明仿刺参存在昼夜节律的基因调控基础,借助转录本数据初步表明光照可能具有扰乱仿刺参行为节律的效应,但仍需深入研究.
关键词：仿刺参昼夜节律基因组
分类号：S917.4(水产基础科学)
资助基金：国家重点研发计划(2019YFD0900800)中国科学院科技服务网络计划项目（STS）(KFJ-STS-ZDTP-055)
论文发表日期：2022-10-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 117-122 )
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