基于RNA高通量测序技术研究高体鳑鲏基因表达的性别偏倚
刘凯1
冯晓宇1
吴燕琴2
谢楠1
储忝江1
1.杭州市农业科学研究院水产研究所,浙江 杭州 3100242.丽水市水产技术推广总站,浙江丽水 323000
摘要：了解基因表达的性别偏倚有助于理解性别相关的表型二态性,它也是研究基因-表型互作的一个重要的领域.为填补基因数据的空缺及揭示基因表达的性别偏倚,首次开展了高体螃鲏(Rhodeus ocellatus)肌肉组织的RNA测序.分别采集雌性和雄性高体鳑鲏各3尾,从鱼体上剥离肌肉组织.剥离的组织置于液氮中研磨,抽提获得总RNA后,通过Illumina HiSeq测序平台进行转录组建库、测序并进行了差异表达基因分析.结果表明,雌、雄高体鳑鲏样本中分别测序获得6.39 GB和6.70 GB的Clean Data,组装后得到46 194个Unigene,大小达到59.68 Mb,序列平均长度达到1 354.67 bp.比对数据库后,共注释Unigenes 24 754个,占所有Unigenes的53.59％.GO功能注释结果显示,25 887、21822和10 008个Unigenes分别注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3个GO分类中.预测转录因子3 030个,获得微卫星22 560个.差异表达分析显示,雌性与雄性个体之间有3 216个差异表达基因,其中雄性个体显著上调基因有1 796个,显著下调基因1 420个.GO富集分析表明,雌、雄个体间基因表达差异多集中在细胞水解酶活性、转运活力和细胞外区域等GO条目上.KEGG通路富集分析表明,疱疹病毒感染、补体与凝血级联反应和蛋白质消化和吸收通路是富集差异基因最多的3个通路.蛋白互作网络分析表明,雌性和雄性个体间存在2个主要的蛋白互作网络,为蛋白酶内肽酶复合物(Psmdl,Psmd3和Psmd5等)等相关基因构成的互作网络和由纤维蛋白原(Fga,Fgb和Fgg)等相关基因构成的互作网络.以上分析表明,雌、雄高体鳑鲏基因表达具有明显的性别偏倚性.本研究结果补充了高体鳑鲏的转录组信息,揭示了高体鳑鲅基因表达的性别偏倚,也为进一步研究基因表达的性别偏倚与表型互作提供了数据支持.
关键词：高体鳑鲏转录组RNA测序性别偏倚
分类号：S917.4(水产基础科学)
资助基金：杭州市农科院创新基金项目(2019HNCT-01)
论文发表日期：2024-10-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 87-95 )
英文信息