测序数据量对褐斑鲬和条纹斑竹鲨线粒体基因组组装效率的影响
赵蕊蕊1
陆定方1
李鹏飞2
韩志强1
徐胜勇1
1.浙江海洋大学 水产学院,浙江舟山 3160222.浙江省海洋水产研究所,浙江舟山 316021
摘要：高通量测序技术及生物信息学分析方法的快速发展为大规模开展非模式生物基因组测序工作提供了可能,然而如何在低成本的基础上获得基因组信息成为高通量测序技术推广的重要限制因素.鉴于海洋鱼类多样性及其基因组大小的异质性,本研究以硬骨鱼褐斑鲬和软骨鱼条纹斑竹鲨为研究对象,对两者进行线粒体基因组组装与分析,探讨测序数据量及测序深度对海洋鱼类线粒体基因组组装效率的影响.根据对褐斑鲬和条纹斑竹鲨样品开展高深度Illumina测序,利用生物信息学软件分别构建10个测序数据量梯度,并使用NOVOPlasty软件进行线粒体基因组组装,从组装效果、时间两方面统计分析线粒体组装结果.结果显示,随着测序数据量及测序深度的下降,线粒体组装时间呈显著下降趋势(Wilcoxon signed rank test,P＜0.01).褐斑鲬数据量0.3 Gb(测序深度～0.4 x)后无法成功组装线粒体基因组、条纹斑竹鲨数据量0.15 Gb(～0.03 x)后线粒体组装时间逐步增加.对组装效果和组装时间进行综合分析,确定褐斑鲬和条纹斑竹鲨线粒体基因组组装的最优数据量分别为0.3 Gb和0.5 Gb,提示0.5 Gb的测序数据量可能是海洋鱼类线粒体基因组组装的最优方案.本研究初步给出了海洋鱼类线粒体基因组组装的最优测序数据量(～0.5 Gb),可为后续相关研究工作提供参考,同时有助于在低成本基础上进行海洋鱼类线粒体基因组组装.
关键词：高通量测序褐斑鲬条纹斑竹鲨线粒体基因组组装比较分析
分类号：S931.1(水产资源)
资助基金：浙江省属高校基本科研业务费(2019JZ00001)
论文发表日期：2025-04-30
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 93-99 )
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