一种多序列比对分治算法DCA-ClustalW
业宁1
张倩倩2
许翠云2
1.山东大学计算机科学与技术学院,济南,250061;南京林业大学信息科学技术学院,南京,2100372.南京林业大学信息科学技术学院,南京,210037
摘要：多序列比对是生物信息学研究中最基本的一项内容,多序列比对的精确算法是一个NP-hard问题,一般研究者都侧重于设计多序列比对近似算法,最有代表性的近似算法是ClustalW;分而治之是一种重要的算法设计思想,它将复杂问题分割成更简单的子问题来解决,能有效提高算法效率.本文设计了一个DCA-ClustalW算法,对多序列比对问题,同时考虑从纵向和横向两个方面将复杂问题分割成简单易解的子问题,在BaliBase基准数据集上测试表明,该算法是可行的.
关键词：多序列比对分而治之ClustalW
分类号：TP311(计算技术、计算机技术)
资助基金：江苏省自然科学基金(BK2009393)
论文发表日期：2010-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 30-33,80 )
英文信息