基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法研究
李鹏1
闵慧2
罗爱静3
许家祺4
颜湘茹4
伊娜4
刘杰4
1.湖南中医药大学信息科学与工程学院 长沙 410208;中南大学湘雅三医院 长沙 410006;医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙 4100062.湖南信息职业技术学院软件学院 长沙 4102003.中南大学湘雅三医院 长沙 410006;医学信息研究湖南省普通高等学校重点实验室(中南大学) 长沙 4100064.湖南中医药大学信息科学与工程学院 长沙 410208
摘要：为了解决现有的蛋白质网络构建方法在准确性、鲁棒性等方面的不足,提出了一种基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法.首先,基于基因表达均值计算来对所有的蛋白质划分时间片,然后对于拥有相同时间片的蛋白质,采用连接强度来判断它们之间是否存在相互作用关系,进而构建出相应的蛋白质子网.最后,基于进化图来将多个时间片内的子网构建成动态蛋白质网络模型.以DIP数据集和CYC2008数据集为实验对象,利用多种典型的复合物识别算法在文中构建的蛋白质网络上进行测试,结果表明,论文构建的蛋白质网络明显地提高了复合物识别的精度,且鲁棒性较高.
关键词：动态蛋白质网络连接强度时间片进化图精度鲁棒性
分类号：TP301(计算技术、计算机技术)
资助基金：国家社会科学基金(17AZD037)国家重点研发计划(2017YFC1703306)国家自然科学基金(2019JJ50453)湖南省自然科学基金面上项目(2018JJ2301)湖南省科技厅重点项目(2018JJ2301)湖南中医药大学开放基金项目(2018JK02)湖南省教育厅一般项目(19C1318)
论文发表日期：2020-11-20
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 2539-2543 )
英文信息