基于核函数的识别空间表达模式基因的算法研究
王琳
赵桂华
上海理工大学理学院 上海 200093
摘要：空间转录组学是分析基因表达复杂组织的组织学变化的一项成熟的技术.识别显示空间表达模式的基因,是描述复杂组织的空间转录组景观的重要第一步.通过改进统计方法SPARK的内核函数,提出SPARK2方法,提高识别从各种空间分辨转录组学技术生成的数据中基因的空间表达模式.给定两组模拟数据,SPARK2方法比现有方法产生更高的功率,例如低假阳性和高真阳性.此外,通过分析三个已发表的空间分辨转录组数据集,发现SPARK2方法比现有的方法更好,如识别更多的具有空间表达模式的基因,揭示更多的生物学发现.因此,通过改进核函数能够提高识别具有空间表达模式基因的数目,同时识别出具有生物学意义的基因.
关键词：基因表达模式高斯核周期核
分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)
资助基金：国家自然科学基金(61807017)
论文发表日期：2025-11-20
在线出版日期：2026-01-28（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 3027-3031,3038 )
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