基于生物信息学方法挖掘胃癌相关lncRNA
童蕾
丁显廷
上海交通大学个性化医学研究院/生物医学工程学院, 上海 200030
摘要：目的 本研究对4 对胃癌患者癌组织及癌旁组织的 lncRNA 和 mRNA进行表达谱定量分析,通过生物信息学方法挖掘到潜在胃癌相关的靶标分子.方法 利用基因技术筛选样品得到差异lncRNA和mRNA,对差异lncRNA和mRNA构建共表达网络图,对候选lncRNA利用UCSC重新注释,预测lncRNA结合TF和蛋白,利用GO和KEGG数据库富集分析lncRNA共表达基因和结合蛋白从而推测lncRNA参与功能.结果 共筛选出了543 个差异lncRNA以及 2705 个 mRNA,GO功能分析显示lncRNA共表达基因参与transferase activity、immune system process、regulation of cell differentiation、immune re-sponse、cell differentiation,KEGG通路富集分析显示lncRNA共表达基因参与transferase activity、cell differentiation、p53 sig-naling pathway、TGF-beta signaling pathway通路.ENST00000444102 是一个保守lncRNA,胃癌中显著上调参与肿瘤通路过程.结论 ENST00000444102 这条lncRNA参与多种肿瘤相关通路,可能成为潜在的胃癌预后、诊断和治疗的治疗靶点.lncRNA参与多种肿瘤相关通路ENST00000444102,可能成为潜在的胃癌预后、诊断和治疗的治疗靶点.
关键词：胃癌基因芯片数据分析lncRNA分子生物信息学
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(T2122002)
论文发表日期：2023-08-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 39-46 )
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