脓毒症心肌病B细胞相关基因筛选及ceRNA网络构建
陈美雪
曹庆飞
李静
锦州医科大学附属第一医院,辽宁锦州 121000
摘要：目的 通过生物信息学分析筛选并验证脓毒症心肌病(septic cardiomyopathy,SCM)中B细胞相关基因(B cell-related genes,BRGs),并对其进行ceRNA网络构建,探讨BRGs在SCM中的作用机制,旨在寻找SCM早期诊断和治疗的新靶点.方法 利用GEO数据库中GSE79962和GSE63920数据集筛选共同差异基因(differential genes,DEGs),然后通过GO及KEGG分析其生物学功能,STRING在线工具分析蛋白之间相互作用,通过CytoScape的CytoHubba插件分析获得核心差异基因(Hub DEGs).另一方面,通过免疫细胞浸润分析及WGCNA分析获得B细胞相关基因模块,与Hub DEGs取交集获得B细胞相关的核心基因(B cell-related hub genes,BRHGs),并在相关数据集中验证其表达情况.最后,通过在线工具及公共数据集构建并验证了 B细胞相关的ceRNA网络.结果 GSE79962及GSE63920共筛选出29个共同DEGs;GO及KEGG富集分析提示其主要是通过细胞迁移、细胞转运及细胞成分运动的负向调控等方面发挥调控作用,其主要参与JAK-STAT信号途径;免疫细胞浸润结果显示,GSE79962数据集中SCM组B细胞含量明显低于对照组(P＜0.05);WGC-NA共筛选出1781个BRGs,与CytoScape中筛选的10个Hub DEGs取交集得到BRHG(TIMP1),在线工具预测的miRNA及长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)分别为let-7b-5p和KCNQ1OT1,相应公共数据集验证结果均具有统计学意义.成功构建B细胞相关ceRNA网络(KCNQ1OT1/let-7b-5p/TIMP1).结论 本研究发现并验证了参与SCM发病机制的BRHG(TIMP1),进一步探索了在SCM中B细胞介导的免疫反应可能的分子机制,为SCM的早期诊断和治疗提供了新的分子靶点.
关键词：脓毒症心肌病B细胞相关基因ceRNA网络模型生物信息学分析
分类号：R542.2(心脏、血管（循环系）疾病)
资助基金：锦州市科技计划项目(JZ2023B034)辽宁省社会科学规划基金项目(L22AZZ001)锦州医科大学横向研究项目(H2023003)
论文发表日期：2024-06-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 70-79 )
英文信息