NR6 A1 与胃癌预后免疫调节的生物信息学分析
侯健
李静
锦州医科大学附属第一医院消化内科,辽宁 锦州 121000
摘要：目的 通过生物信息学分析核受体亚家族6A组成员1(nuclear receptor subfamily 6 group A member 1,NR6A1)在胃癌中的作用,旨在阐明NR6A1 在胃癌中诊断和预后价值,也包括其与免疫细胞浸润的关系.方法 肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库用于分析NR6A1 在胃癌组织与癌旁组织中的表达差异.利用Kaplan-Meier数据库分析NR6A1 表达与胃癌患者生存预后的关系,使用R包建立诊断的受试者工作特征(receiver operating characteristic curve,ROC)曲线和列线图(nomogram)模型.cBioPortal和MethSurv数据库用于分析NR6A1 基因突变和DNA甲基化,以及对胃癌患者生存预后的影响.仙桃学术用于分析NR6A1 表达与免疫细胞浸润丰度的关系.STRING数据库分析与NR6A1 蛋白质相互作用网络信息.基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析NR6A1 相关基因的功能.使用 JASPAR和 GRNdb数据库预测基因 NR6A1 上游的转录因子.NR6A1 具有转录因子的功能,通过GRNdb数据库预测其下游靶基因,并富集分析相关靶基因的功能.结果 TCGA数据库结果表明,NR6A1 在胃癌中高表达;Kaplan-Meier 数据库提示高表达 NR6A1 的胃癌患者预后差.ROC 曲线分析表明,NR6A1 可作为胃癌组织的诊断标志物(AUC=0.851).基因突变分析,NR6A1 基因突变率为2.70%,且发生基因突变的患者预后差.甲基化分析表明,在13 个DNA甲基化CpG位点中,cg13409170 的低甲基化与患者预后不良有关.免疫浸润分析表明,NR6A1 高表达与多种免疫细胞浸润呈负相关.GO 和 KEGG 分析主要富集在 RNA 转运和降解通路中.利用JASPAR和GRNdb数据库预测基因NR6A1 的上游转录因子为KLF5 和E2F6.GRNdb数据库预测出转录因子NR6A1 的7 个下游靶基因(PLEKHG5、GTF2IRD1、CEL、SPRY2、MSL1、HNF4A-AS1、ADNP-AS1),靶基因富集分析功能主要包括突触前易化、Ras蛋白信号转导调控、小GTP酶介导的信号导调控等通路.结论 NR6A1 在胃癌组织中高表达,其高表达、基因突变、低甲基化与患者预后差有关,且NR6A1 和免疫细胞浸润丰度相关,可作为胃癌预后可靠的标志物.
关键词：胃癌核受体亚家族6A组成员1生物信息学基因突变甲基化富集分析免疫浸润预后转录因子
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：辽宁省科技厅民生科技计划项目(2021JH2/10300042)
论文发表日期：2025-02-27
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：9( 56-64 )
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