锡金海棠叶绿体基因组结构及密码子偏好性分析
陈玲慧1
王慧2
刘岩1
钱关泽1
1.聊城大学 生命科学学院,山东 聊城 2520592.聊城大学 学报编辑部,山东 聊城 252059
摘要：为研究锡金海棠叶绿体基因组结构、明确其叶绿体基因组密码子使用模式,通过NOVOPlasty、ge-neious和codonW等软件,组装出锡金海棠叶绿体基因组,在注释后分析叶绿体基因组结构,并筛选出53条蛋白编码序列(CDS)用于密码子偏好性分析.结果表明,锡金海棠叶绿体基因组全长160088 bp,GC含量为36.6％;不同碱基位置GC含量分别为GC1(46.98％)>GC2(39.46％)>GC3(28.30％),表明其密码子末位碱基偏向以A/U结尾;中性图分析表明GC12与GC3未有明显相关性,即密码子第1、2位碱基与第3位碱基存在一定差异;根据ENC-plot和PR2-plot分析,影响密码子偏好性的主要因素是自然选择;最后确定UUG、CUU和AUU等14个密码子为锡金海棠叶绿体基因组的最优密码子.研究结果对今后研究锡金海棠亲缘关系、系统发育、物种鉴定提供了数据支持,对优化目标基因、种源的鉴定及异源表达基因的改造和系统发育分析提供了理论依据.
关键词：锡金海棠叶绿体基因组密码子偏好性
分类号：Q812(生物工程学(生物技术))
资助基金：国家自然科学基金(31170178)
论文发表日期：2022-12-28
在线出版日期：2026-08-28（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 96-103 )
英文信息