乳腺癌冰冻和石蜡包埋样本的RNA以及基因表达情况的比较研究
孙冰1
郭晓红2
江泽飞1
张峰3
吴世凯1
张利利3
王敦梅3
宋三泰1
1.军事医学科学院附属医院乳腺癌内科,北京,1000712.汕头大学医学院病理学教研室,5150413.中国科学院北京基因组研究所,100029
摘要：目的 比较乳腺癌新鲜冰冻和石蜡包埋样本中提取总RNA的质量,并分析其基因表达情况.方法 收集新鲜冰冻及其石蜡包埋的人乳腺癌组织共5对,另取10例保存时间为1-10年不等的人乳腺癌组织石蜡样本.试剂盒提取总RNA,用随机引物实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR)分析新鲜冰冻与其石蜡样本的mRNA表达情况,并对不同保存时间的石蜡样本比较扩增管家基因不同产物长度的Ct值差异,以了解RNA降解程度.结果 新鲜冰冻后的石蜡样本RNA片段长度弥散分布在200bp左右,扩增90bp长度ACTB基因的有效RNA模板量仅为相应冰冻样本的0.46倍(P<0.05).冰冻样本扩增90bp产物的Ct值显著低于其扩增203bp的Ct值(P=0.02),提示冰冻样本RNA有一定降解.石蜡样本mRNA表达与相应的冰冻样本无显著差异(P>0.05),两种样本目的基因△Ct值经Spearman相关性分析有显著相关性(r=0.954,P=0.000).扩增不同保存时间石蜡样本的3个长度片段的Ct值均有显著差异,随着扩增片段的增大,Ct值也逐渐增加.结论 冰冻样本的RNA相对较完整,质量较好;石蜡样本的RNA有明显降解,但能够准确反映组织mRNA水平表达情况;石蜡样本的Ct值随扩增片段的增大而逐渐增加,能顺利扩增150bp左右长度的产物,为石蜡样本的进一步研究提供实验基础.
关键词：冰冻组织石蜡包埋组织RNA提取基因表达
分类号：R737.9(泌尿生殖器肿瘤)
论文发表日期：2010-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 588-592 )
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