利用转录组测序数据分析胃癌长链非编码RNA的研究
曹伟军
谈路轩
李超
韩维维
张军
张振玉
1.210006,南京 南京医科大学附属南京医院南京市第一医院消化内科2.210006,南京 南京医科大学附属南京医院南京市第一医院消化内科3.210006,南京 南京医科大学附属南京医院南京市第一医院消化内科4.210006,南京 南京医科大学附属南京医院南京市第一医院消化内科5.210006,南京 南京医科大学附属南京医院南京市第一医院消化内科6.210006,南京 南京医科大学附属南京医院南京市第一医院消化内科
摘要：目的 检测长链非编码RNA (lncRNA)在胃癌中的表达,并初步分析其功能.方法 34对胃癌及癌旁正常组织的转录组测序数据从癌症基因组图谱计划(TCGA)网站下载获得.用Subread和featureCounts分析数据,获得mRNA和lncRNA的表达值.用edgeR分析获得差异表达lncRNA和与差异表达lncRNA共表达的mRNA,并作基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.结果 在胃癌组织和癌旁正常组织中差异表达的lncRNA有1345个,其中在胃癌组织中表达上调758个,下调587个.共表达分析显示,1045个编码基因与lncRNA表达相关.与差异表达lncRNA共表达的mRNA涉及的GO生物学过程包括有丝分裂期、细胞分裂、DNA复制等,涉及的KEGG通路包括细胞周期、细胞粘附分子等.结论 lncRNA在胃癌和癌旁正常组织中的表达有显著差异,提示其在胃癌的发生、发展中起重要作用.
关键词：胃癌长链非编码RNA (lncRNA)转录组测序
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：南京医科大学科技发展基金资助项目(2014NJMUZD033)
论文发表日期：2017-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 1116-1120 )
英文信息