基于TCGA和LASSO回归的胃癌预后lncRNA预测模型构建
常紫薇1
刘辉1
张秋萌1
李兴雨1
史旋1
景丽伟2
张超1
1.063000 河北唐山 华北理工大学附属医院消化内科2.100872 中国人民大学国家发展与战略研究院
摘要：目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库筛选胃癌预后相关关键长链非编码RNA(lncRNA)并构建预测模型,为判断胃癌患者预后情况提供参考依据.方法 下载TCGA数据库中407例胃癌组织样本的RNA-Seq数据和443例胃腺癌患者临床及预后资料,对胃癌组织与癌旁组织差异表达lncRNA进行分析,采用Cox比例风险回归模型及最小化绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法构建预测模型并对模型预测的有效性进行验证.采用多因素Cox回归模型分析该预测模型是否为胃癌独立的预后因素.结果 纳入的368例胃癌样本中筛选出382个差异表达lncRNA.基于Cox&LASSO回归算法,构建和验证了25-lncRNA标志物模型;在训练集与验证集中,该模型的曲线下面积分别为0.719和0.672,且高风险组患者的总生存期(OS)明显低于低风险组患者(P<0.05).多因素Cox回归分析显示,25-lncRNA标志物模型在322例具有完整临床及预后资料的病例中是影响OS的独立因素(HR=2.614,P=5.64E-07).结论 本研究确定了一个25-lncRNA标志物的风险评分模型,可作为独立预后因素对胃癌患者预后进行预测.
关键词：胃癌长非编码RNA癌症基因组图谱最小化绝对收缩和选择算子预后预测模型
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81803106)河北省自然科学基金(H2020209166)河北省教育厅项目(QN2018227)
论文发表日期：2020-09-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 823-829 )
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