基于WGCNA联合LASSO算法胃癌预后lncRNA分子标志物筛选
刘辉1
张超2
景丽伟3
张秋萌2
常紫薇2
李兴雨2
史旋2
1.100015 北京 首都医科大学附属北京地坛医院中西医结合中心2.063000 华北理工大学附属医院消化科3.100069 首都医科大学护理学院
摘要：目的 运用两种生物信息学方法筛选胃癌预后长链非编码RNA(lncRNA)分子标志物,为胃癌lncRNA分子机制研究提供基础.方法 下载癌症基因图谱(TCGA)胃癌和癌旁的RNA测序数据和临床特征数据,针对差异表达基因采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和套索算法(LASSO)构建胃癌预后lncRNA模型,以绘制受试者工作特征曲线(ROC)及Kaplan-Meier曲线评价模型,绘制单基因ROC曲线筛选预后lncRNA标志物,并通过starBase数据库预测其可能靶基因.结果 纳入345例胃癌及32例癌旁样本数据,WGCNA联合LASSO算法构建出包含有11个lncRNA的胃癌预后模型,模型的曲线下面积(AUC)为0.641,生存分析提示胃癌高风险组5年总体生存时间短于低风险组(P=0.0079),表明模型性能良好.单基因ROC曲线法发现LINC00665的AUC最大,为0.695,提示LINC00665为胃癌预后lncRNA分子标志物的可能性最大.靶基因预测分析,胃癌中LINC00665与靶基因HKR1成正相关(r=0.401,P<0.05).结论 WGCNA联合LASSO分析发现LINC00665是胃癌预后的可能lncRNA分子标志物,可能通过调控靶基因HKR1影响胃癌的发生发展过程.
关键词：胃癌预后长链非编码RNA加权基因共表达网络分析套索算法
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81803106)河北省自然科学基金(H2020209166)
论文发表日期：2021-10-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 891-897 )
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