基于生物信息学研究EIF3D在肝癌中对靶标RNA非修饰区的结合调控作用机制
刘子瑶
刘思远
陈衣强
戴知言
李晶晶
沈洁
谢正尧
210008 南京 南京大学医学院附属鼓楼医院精准医学中心
摘要：目的 基于生物信息学方法在公共数据库中探索真核翻译起始因子3亚基D(EIF3D)基因在肝癌中的靶标结合模式和转录水平的调控机制.方法 通过肿瘤公共数据库获取EIF3D在肝癌组织中的表达情况和生存差异.利用公共数据库对EIF3D在肝癌HepG2细胞株的联合增强紫外交联免疫共沉淀(eCLIP)数据进行分析,获取靶标结合位点,HOMER注释并统计学筛选后得到靶标结合区域占比和靶基因集,对该基因集进行基因本体论/京都基因和基因组百科全书(GO/KEGG)分析和PPI分析.对EIF3D敲降后的RNA-seq数据进行差异分析获取差异基因集,对该基因集进行GO/KEGG分析和PPI分析及下游个性化数据库分析.结果 公共数据库数据显示,肝癌组织中EIF3D的表达水平显著升高(P＜0.001),EIF3D高表达人群的生存率显著低于低表达人群(P＜0.001).EIF3D在正常肝组织的胆管细胞中未见表达,在肝细胞中弱表达;EIF3D在肝癌细胞的细胞质和胞膜上中度表达.在肝癌HepG2细胞株中,EIF3D倾向于结合在靶标的外显子区域,通过调控RNA靶标参与细胞分化、周期进程和mRNA代谢等过程.EIF3D敲降后表达下调的靶基因集参与有丝分裂、细胞周期和DNA修复等过程,该基因集中存在一个互作网络:ATAD2-TOP2A-TPX2-KNTC1-FANCA,其在肝癌中显著上调并对预后造成不良影响.结论 EIF3D可能通过结合靶标基因网络的RNA非修饰区在转录水平进行调控,从而促进肝癌进展.
关键词：肝癌真核翻译起始因子3亚基D生物信息学RNA结合蛋白
分类号：R735.7(消化系肿瘤)
资助基金：江苏省医院管理创新研究课题资助项目(JSYGY-3-2023-618)江苏省卫健委医学科研面上资助项目(H2023068)南京市卫生科技发展专项资金资助项目(YKK22095)南京鼓楼医院医学发展医疗救助基金会资助项目(NDYGN2023002)
论文发表日期：2024-08-28
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 779-785 )
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