弓形虫硫氧还蛋白密码子偏好性分析
卢頔1
郑若函1
陈慧钦1
高鑫丽1
于春琳1
程子文2
杨宝玲2
王大为1
1.锦州医科大学畜牧兽医学院,辽宁 锦州 1210002.锦州医科大学基础医学院,辽宁 锦州 121000
摘要：试验旨在分析并比较弓形虫(Toxoplasma gondii)与部分顶复门原虫、模式生物的硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)密码子的使用偏好性.试验获取弓形虫、疟原虫、新孢子虫、球虫、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、人等的Trx碱基序列,利用CodonW软件、Hemi软件以及MEGA软件对Trx密码子的碱基组成、偏好性指标、同义密码子相对使用度(RSCU)、影响因素以及系统发育进化树等进行比较分析.结果显示:弓形虫Trx密码子碱基组成中G3、C3、GC3含量偏高,分别为46.03%、53.7%和77.18%;而GC1和GC2含量处于平均水平;密码子适应指数(CAI)、密码子偏好指数(CBI)、最佳密码子频率(FOP)、有效密码子数(ENC)、RSCU均处于较高水平,证明弓形虫Trx密码子在使用过程中产生了明显偏好;相关性分析结果显示,自然选择是产生密码子偏好性使用的主要原因.研究表明,在自然选择的进化过程中,密码子碱基组成、CAI、CBI、ENC、RSCU等因素是导致弓形虫Trx密码子产生偏好性的主要原因.
关键词：弓形虫硫氧还蛋白密码子使用偏好性同义密码子相对使用度有效密码子数
分类号：S855.9(动物医学（兽医学）)
资助基金：锦州医科大学大学生创新创业训练计划项目(X202210160022)锦州医科大学大学生创新创业训练计划项目(X202210160050)辽宁省教育厅基本科研项目(JYTQN2023435)辽宁省教育厅基本科研项目(JYTQN2023433)辽宁省自然科学基金博士科研启动基金计划项目(2022-BS-323)辽宁省自然科学基金博士科研启动基金计划项目(2022-BS-325)锦州医科大学-博泽青年科技人才托举项目(JYQT202303)锦州医科大学-博泽青年科技人才托举项目(JYBZQT2109)
论文发表日期：2024-12-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 1-7 )
英文信息