海南黑山羊SAA3基因多态位点筛查与生物信息学分析
陈祥英
陈韬羽
高宏岩
陈思
满初日嘎
杜丽
王凤阳
陈巧玲
海南大学热带农林学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室,海南 海口 570228
摘要：试验旨在探究海南黑山羊SAA3基因的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及免疫功能提供参考.试验采集200只海南黑山羊的血液样本,采用Sanger法测序对海南黑山羊SAA3基因的单核苷酸多态性(SNP)位点进行检测,对检测到的SNPs位点进行连锁不平衡分析,并用生物信息学软件对SAA3基因编码蛋白及其启动子区进行分析.结果显示,在该基因启动子区检测到4个SNPs位点,分别为SNP1(g.25808412C>A)、SNP2(g.25808226C>G)、SNP3(g.25808088A>G)和SNP4(g.25807925C>G);4个SNPs位点中仅SNP3位点在该群体中表现为低度多态性且不符合Hardy-Weinberg平衡定律(P<0.05).单倍型分析结果显示,H1、H2和H3单倍型频率分别为0.712、0.258和0.030,H1(CCAC)为优势单倍型.生物信息学分析显示,SAA3基因编码序列(CDS)区长度为131 bp,蛋白分子量为14.59 kDa,理论等电点(pI)为9.44,蛋白质二级结构包括71.76%α-螺旋、28.24%无规则卷曲.系统进化树分析显示,该基因编码氨基酸序列与反刍动物绵羊、牛的亲缘关系最近.研究表明,海南黑山羊SAA3基因较为保守,其CDS区未检测出突变位点,启动子区存在4个SNPS,其中SNP4可能减少转录因子AP-2α与启动子区结合,进而影响SAA3基因的调控表达.
关键词：海南黑山羊SAA3基因SNP位点生物信息学
分类号：S827(家畜)
资助基金：海南省自然科学基金项目(324RC447)现代农业产业技术体系(CARS38)海南省院士创新平台科研专项(No.YSPTZX202013)
论文发表日期：2025-03-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1-6 )
英文信息