基于生物信息学方法的2型糖尿病差异表达miRNA筛选及靶基因预测
韩壮
福建中医药大学,福建福州 350108
摘要：目的 基于生物信息学方法分析2型糖尿病(T2DM)患者肝脏组织中差异miRNA表达,并预测靶基因.方法 通过GEO数据库下载T2DM与正常人群肝脏组织miRNA芯片数据集GSE176025,分为type-2-dabetic和non-diabetic两组,每组20例,利用GEOR2工具分析获取差异miRNA,并制作火山图.通过TargetScan和miRWalk数据库对差异miRNA行靶基因预测,并利用DAVID数据库对靶基因从生物过程(BP)、细胞成分(CC)、分子功能(MF)做基因本体论功能富集分析(GO)和京都基因组百科全书信号通路分析(KEGG).利用STRING在线工具及Cytoscape软件构建靶基因蛋白质相互作用(PPI)网络,并筛选关键基因.结果 筛选后获得差异miRNA 15个,包含12个上调miRNA和 3个下调miRNA.预测差异miRNA靶基因 318个,关键靶基因 5个,分别为SMARCD3、BCL11A、BCL11B、ARID2、BICRA.GO及KEGG分析结果显示,BP包括调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、DNA模板转录、蛋白质磷酸化等;CC包括细胞核、核质、细胞质、细胞溶质等;MF包括蛋白质结合、DNA结合、染色质结合等;KEGG包括调节干细胞多能性的信号通路、mTOR信号通路、Hippo信号通路等.结论 与正常人群相比,T2DM患者肝脏组织中存在多个差异miRNA表达;这些差异miRNA及相关靶基因等有助于明确T2DM发病机制,为临床诊疗提供新的思路.
关键词：2型糖尿病微小RNA靶基因生物信息学
分类号：R587.1(内分泌腺疾病及代谢病)
论文发表日期：2024-04-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 28-33 )
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