猪链球菌2型98HAH33株脂蛋白的in silico方法鉴定
孙理云1
王利巧2
毛薇3
1.河南科技大学,动物科技学院,河南,洛阳,4730012.河南科技大学,现代教育技术与信息中心,河南,洛阳,4730013.郑州铁路职业技术学院,河南,郑州,450052
摘要：为鉴别已公布基因组序列的SS2 98HAH33株的脂蛋白,以研究脂蛋白在SS2致病过程中的作用,首先利用PrositeScan和DOLOP脂蛋白预测软件预测98HAH33株的脂蛋白,采用SignalP 3.0 HMM,PrediSi,Phobius和LipoP-HMM分析预测的脂蛋白的信号肽,然后经"多数票决法"鉴定脂蛋白,最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的脂蛋白进行功能分析.结果鉴定出31种脂蛋白,占SS2致病株98HAH33蛋白质组的1.465%.功能分析结果表明,共有16种脂蛋白是ABC转运体的底物结合蛋白(SBP),9种SBP基因与其相应通透酶和ATPase基因组成完整ABC转运体的操纵子,参与氨基酸、金属离子、核苷、无机盐等的运输;7种具有与数据库酶域相匹配或经BlastP比对与其他酶有一致性;5种为假定的蛋白;3种脂蛋白具有其他功能.这些资料提示脂蛋白在SS2的生理和致病性方面具有重要作用.
关键词：猪链球菌2型脂蛋白生物信息学毒力因子
分类号：Q816(生物工程学(生物技术))
资助基金：河南科技大学博士科研启动基金(05-010;2006ZY042)
论文发表日期：2008-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 61-65 )
英文信息