基于SMART-seq2测序分析结直肠癌外周血DNT细胞转录组的表达差异及功能初探
代玉玲1
魏云波2
武静3
朱惠茹1
刘晓斐3
1.261053,潍坊医学院医学检验学院2.250031济南,齐鲁工业大学(山东省科学院)山东省分析测试中心环境与健康免疫研究室3.250031济南,联勤保障部队第九六〇医院检验科
摘要：目的 探讨结直肠癌患者外周血中双阴性T细胞差异基因及功能.方法 选取2例结直肠癌患者和2例健康体检者,首先采用流式细胞术分选外周血双阴性T细胞,然后利用单细胞全长转录组(SMART-seq2)测序技术获得测序数据,筛选差异表达基因,并对筛选出的差异表达基因进行基因本体富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)途径富集分析.利用STRING数据库构建蛋白质互作网络,并通过Cytoscape软件鉴定关键基因.采用RT-qPCR验证差异表达基因.结果 与健康体检者相比,结直肠癌患者外周血双阴性T细胞差异基因共有1 276个,其中141个上调基因,1 135个下调基因.GO分析显示差异基因主要参与甲基化、代谢过程以及转移酶活性等生物学功能.KEGG通路分析显示差异基因主要涉及自噬、P53信号通路和磷酸肌醇代谢等信号通路.蛋白质互作网络包含1 154个节点和1 022条边,并鉴定出10个Hub基因:PIK3C3、WIPI1、ATG101、PIK3R4、DDX10、RBM28、SDAD1、ATG16L1、UVRAG、ATG7.RT-qPCR验证10个差异表达基因,其中7个差异基因表达变化趋势与测序结果一致,3个基因表达与测序结果不符.结论 DNT细胞可能通过甲基化、P53 信号通路和自噬等作用参与了结直肠癌的发生发展,同时,DNT细胞可能通过对基因的调控抑制结直肠癌的发生发展.本研究为进一步探讨DNT细胞在恶性肿瘤中的功能提供理论依据.
关键词：结直肠癌双阴性T细胞差异基因SMART-seq2
分类号：R735.3(消化系肿瘤)R392.12(医学免疫学)
论文发表日期：2023-10-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 900-909 )
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