仔猪生长发育关键基因筛选和功能分析
宋阳1
芦春雪2
殷淑洁1
冯静1
刘欢1
苏辰1
周百灵2
沈丛丛2
陈清帅2
黄平平2
于雪2
1.德州学院生物物理研究院/山东省生物物理重点实验室,山东德州 253023;德州学院生命科学学院,山东 德州2.德州学院生物物理研究院/山东省生物物理重点实验室,山东德州 253023
摘要：为揭示对仔猪背最长肌和皮下脂肪组织生长发育过程起关键作用的基因,从GEO数据库下载背最长肌和皮下脂肪组织各18个转录组测序数据,采用Ensembl release 104版本的猪基因组和注释文件,进行生物信息学分析.结果显示,在所有样本中共获得79800个转录本,其中包括29118个mRNA、2105个已知长链非编码RNA(lncRNA)和47142个新的转录本.两种组织中共获得34873个差异表达的转录本,包括12536个差异表达的mRNA.对差异表达的mRNA进行KEGG和GO功能富集分析显示,肌节组织(sarcomere organization)、肌动蛋白细胞骨架组织(actin cytoskeleton organization)等通路与背最长肌发育性能相关,关键基因包括MYPN、TNNT1和PDLIM3等;脂肪细胞因子信号通路(Adipocytokine signaling pathway)、鞘脂信号通路(Sphingolipid signaling pathway)、脂肪酸代谢(Fatty acid metabolism)等通路与脂肪组织发育相关,关键基因包括SCD5、PCK1和FASN等.本研究详细分析了可能影响断奶仔猪生长性能的基因及通路,为断奶仔猪生长发育相关分子生物学的研究提供理论支撑.
关键词：仔猪背最长肌生长发育转录组测序生物信息学分析
分类号：S828.2(家畜)
资助基金：山东省自然科学基金青年项目(ZR2021QF143)德州学院人才引进项目(2020xjrc216)大学生创新创业训练计划项目(202110448026)大学生创新创业训练计划校级立项项目(x202110448030)
论文发表日期：2023-01-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 1-4,7 )