黑麦草 EST －SSR 分子标记开发及生物信息学分析
王秀华1
李家丽2
蒲艳艳3
丛晓翔1
林雪婷1
于鸿翔2
赵岩2
1.山东农业大学资源与环境学院/土肥资源高效利用国家工程实验室,山东 泰安,2710182.山东农业大学资源与环境学院/土肥资源高效利用国家工程实验室，山东 泰安 271018; 山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室，山东 泰安 2710183.山东省农作物种质资源中心,山东 济南,250100
摘要：为加速分子标记在黑麦草中的应用，利用黑麦草 EST 数据库（GenBank ／dbEST）开展了黑麦草EST －SSR 信息分析、标记开发和 EST 功能分析研究。在25752条黑麦草 EST 序列中，共发现346条 SSR 序列，占整个 EST 总数的1．344％。其中，三核苷酸基序最多（39．60％），次之为二核苷酸基序（31．79％）。三核苷酸基序以 GGC ／CCG 出现频率最高，为8．38％，其次是 CGC ／GCG（7．51％）、GCC ／CGG（4．05％）和 ATG／TAC（2．02％），二核苷酸基序以 CT／GA 出现频率最高（14．45％），其次是 GA ／CT（10．98％）。根据这些含有SSR 的 EST 序列，利用 Primer Premier 5．0软件，对346条 EST －SSR 序列进行引物设计，共设计引物193对，其中分值在90分以上的有113对（32．66％）。利用 GenBank 的 BlastN 和 BlastX 程序对相应113条 EST 进行功能分析，72条 EST 序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。
关键词：黑麦草EST-SSR信息分析引物设计功能分析
分类号：S543+.601(饲料作物、牧草)
资助基金：国家级大学生创新创业训练计划项目(201410434051)高等学校科技计划(J09LC15)
论文发表日期：2016-09-30
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 1-6 )
英文信息