四倍体野生种花生Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因的克隆与分析
阳太亿
刘俊仙
刘菁
蒋菁
韩柱强
贺梁琼
唐秀梅
钟瑞春
黄志鹏
吴海宁
唐荣华
熊发前
摘要：克隆与分析四倍体野生种花生的Ty1-copia类逆转座子逆转录酶基因序列,可为研究其转录活性、功能及调控提供序列基础.使用根据保守区设计的简并引物对,利用PCR技术对四倍体野生种花生(Arachis monticola)的基因组DNA进行扩增,经回收、克隆和测序,对目的序列进行生物信息学分析.结果 显示,目的条带大小约260 bp,克隆获得了32条逆转录酶序列,序列长度范围为257～269 bp,A+T所占比例范围为54.47％ ～68.77％,A+T与G+C比例为1.20～2.20.核苷酸序列间相似性范围为46.4％～ 98.9％,存在较高异质性,表现为缺失突变与点突变;氨基酸序列间相似性范围为6.3％ ～ 100％,有12条序列发生了终止密码子突变,呈现高度异质性.绝大部分序列的保守基序一致,但各序列间的保守基序也存在一定差异,呈现一定程度的异质性.32条序列系统聚类为4个家族,家族Ⅰ和家族Ⅲ分别占总序列数的31.25％和37.50％.对四倍体野生种花生与其它物种植物同一类型逆转录酶的氨基酸序列构建系统发育进化树,结果显示所有序列被分为6类,其中,Ⅰ类和Ⅱ类分别包含15条和9条四倍体野生种花生逆转录酶序列,表明四倍体野生种花生逆转录酶序列具有比较高的保守性;同时四倍体野生种花生逆转录酶序列与葡萄、拟南芥、马铃薯、野茶树、辣椒、甜菜、烟草、番茄、绿豆以及欧洲云杉等具有较近的亲缘关系,表明它们之间可能存在横向传递.本研究获得的逆转录酶序列为基于LTR逆转座子的花生属分子标记开发和应用奠定了基础.
关键词：花生四倍体野生种Ty1-copia类逆转座子逆转录酶异质性
分类号：S565.2(经济作物)Q785(基因工程（遗传工程）)
论文发表日期：2019-01-01
页数：12( 9-20 )
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