高粱GATA基因家族的全基因组鉴定及表达分析
宋迎辉1
朱灿灿1
代书桃1
秦娜1
王春义1
张真2
李君霞1
平西栓3
1.河南省农业科学院粮食作物研究所,河南 郑州 4500022.洛宁县农业技术推广服务中心,河南 洛宁 4717003.河南省农业技术推广总站,河南 郑州 450002
摘要：本研究利用生物信息学方法对高粱GATA基因家族成员进行全基因组鉴定和分析,以期为其基因功能研究奠定基础.结果表明,在高粱基因组中共鉴定到30个GATA基因,不均匀地分布在8条染色体上,2号和7号染色体无分布;26个基因含有CX2 CX18 CX2 C保守基序,SbGATA3、SbGATA4、SbGATA18和SbGATA30含有CX2 CX20 CX2 C保守基序;进化树分析表明,高粱GATA基因家族可分为4组,分别包含15、9、4、2个基因,同一组内的成员保守锌指结构域蛋白序列一致性更高,基因结构和保守基序高度相似;高粱GATA蛋白与单子叶植物玉米和谷子的同源性大于双子叶植物拟南芥;顺式调控元件分析发现,SbGATA启动子序列中存在调控生长发育、激素信号传导和逆境胁迫响应元件,检测到光响应元件G-box、脱落酸响应元件ABRE、茉莉酸甲酯响应元件CGTCA-motif和厌氧诱导响应元件ARE数量最多,另外检测到低温响应元件LTR和干旱诱导性元件MBS.表达分析表明,SbGATA16、SbGATA9、SbGATA25和SbGATA20在多数组织中表达量均较高.模拟干旱处理高粱GATA基因转录组数据分析发现,SbGATA11和SbGATA26上调表达,说明这两个基因可能在干旱胁迫响应中发挥重要作用.
关键词：高粱GATA基因家族全基因组鉴定系统发育表达分析
分类号：S514:Q78(禾谷类作物)
资助基金：现代农业产业技术体系(nycytx-CARS-06)河南省农业科学院科技创新团队项目(2021KJCXTD30)
论文发表日期：2022-08-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：10( 14-23 )
英文信息