基于转录组测序技术筛选影响蛋鸡产暗斑蛋候选基因的研究
杜元军1
韩海霞2
刘玮2
李大鹏2
雷秋霞2
周艳2
刘杰2
王杰2
李福伟2
陈甫3
1.青岛农业大学动物医学院,山东 青岛 266109;山东省农业科学院家禽研究所,山东 济南 2501002.山东省农业科学院家禽研究所,山东 济南 2501003.青岛农业大学动物医学院,山东 青岛 266109
摘要：本研究旨在利用转录组测序技术(RNA-seq)筛选鸡十二指肠中与暗斑蛋形成相关的功能基因和信号通路.选取连续产暗斑蛋率低和连续产暗斑蛋率高的济宁百日母鸡各 10 只分别作为对照组和暗斑组,采集十二指肠组织,测定钙代谢相关基因mRNA表达量,利用RNA-seq技术对差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs)进行GO(gene ontology)功能注释和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集.结果表明,转录组获得高质量数据 108.75 Gb且所有样本Q30＞97%;共筛选得到 471 个DEGs,其中327 个上调,144 个下调,随机选取 7 个DEGs进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,表达趋势与转录组测序结果基本一致;GO功能注释分析筛选到SLC8A3、SLC24A4、SLC9A2 等DEGs主要富集到线粒体钙离子稳态、钠离子跨膜转运和钙离子结合的过程;KEGG通路富集结果显示,GSTT1、GSTO2、GSTA3、CLDN2、CLDN10等DEGs主要富集到细胞色素P450 介导的外源物代谢通路、药物代谢-细胞色素P450、钙信号通路等;与对照组相比,暗斑组十二指肠钙结合蛋白(CALB1)的mRNA表达量显著下降(P＜0.05).综上,蛋鸡十二指肠中GSTT1、GSTO2、GSTA3 基因的上调和SLC8A3、SLC24A4 等基因的下调是影响暗斑蛋形成的关键因素,钙信号通路在暗斑形成中发挥了重要作用.本研究为暗斑蛋的机理研究提供了基础材料.
关键词：蛋鸡蛋壳暗斑十二指肠差异表达基因转录组测序
分类号：S831.2(家禽)Q78(基因工程（遗传工程）)
资助基金：山东省家禽产业技术体系营养与饲料岗位项目(SDAIT-11-07)现代农业产业技术体系专项(CARS-40)山东省农业科学院农业科技创新工程项目(CXGC2022D04)山东省重点研发计划(农业良种工程)项目(2022LZGC013,2020LZGC013)家禽绿色低碳高效健康养殖技术集成与协同推广项目(SDNYXTTG-2023-24)
论文发表日期：2023-12-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：7( 143-149 )
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