基于高通量测序的锈腐病西洋参转录组分析
庞玉雪1
陈磊1
于红霞2
王洪涛1
1.烟台大学生命科学学院,山东 烟台 2640052.威海市文登区道地参业发展有限公司,山东 威海 264400
摘要：为探究锈腐病对西洋参基因表达模式的影响,本研究采用RNA-seq方法分析比较健康与患锈腐病西洋参根与叶中的基因表达差异,并对差异表达基因(DEGs)进行功能聚类分析.结果显示:BL-vs-AL(感病叶片vs健康叶片)组中共鉴定出 8 642 个DEGs,包含上调表达 4 463 个,下调表达 4 179 个;BR-vs-AR(感病根vs健康根)组中共鉴定出5 308 个DEGs,包含上调表达2 609 个,下调表达2 699 个.GO分析发现,大多数DEGs在细胞过程、代谢过程、细胞、催化活性等方面显著富集.KEGG分析表明,DEGs主要富集到苯丙素生物合成、不饱和脂肪酸的生物合成、MAPK信号通路等与植物抗病相关的代谢通路中.同时,在两组共有DEGs中预测到转录因子116 个,分别归属到25 类转录因子家族中.qRT-PCR验证7 个DEGs结果与转录组测序结果的表达变化趋势相符.本研究明确了异质生境中感染锈腐病的西洋参相关基因的表达特征及相关代谢通路,可为深入研究西洋参抗锈腐病的分子机制提供一定的信息参考.
关键词：西洋参锈腐病转录组测序差异表达基因功能聚类通路富集
分类号：S567.5+30.1(经济作物)
资助基金：山东省自然科学基金面上项目(ZR2020MH367)
论文发表日期：2024-07-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：11( 46-56 )
英文信息