基于单细胞转录组测序技术筛选蟾蜍耳后腺免疫修复基因
郭媛媛1
陈晶1
陈文潇1
洪永健1
胡晶红2
1.山东中医药大学药学院,山东济南 2503552.山东中医药大学药学院,山东济南 250355;山东省质量控制与中药全产业链建设协同创新中心,山东济南 250355
摘要：中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一.为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞亚群分类,对细胞亚群中上调表达基因和免疫修复相关基因进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对候选基因进行初步筛选与验证.结果表明,蟾蜍耳后腺组织中用于文库构建和双端测序的细胞数量为8 414个,每个细胞的平均读数和中位基因数为46 326和734,可用于进一步分析的高质量细胞数为7 687个.聚类分析得到12个细胞亚群,并推测Cluster 10是来源于结缔组织的浆细胞.通过GO和KEGG分析对Cluster 10中的217个上调表达基因进行分析,鉴定出多个参与机体免疫的生物过程和通路,包括淋巴细胞活化、淋巴细胞分化及白细胞活化等生物过程和细胞受体信号通路、Fc epsilon RI信号通路及趋化因子信号通路等免疫相关通路.从Cluster 10的差异基因中筛选出MYO1F基因和CYBB基因为中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,并通过qRT-PCR对两基因进行验证,推测对免疫修复具有正向调节作用.本研究结果可为后续挖掘蟾蜍耳后腺免疫修复基因、研究蟾蜍耳后腺采酥后的修复机制提供理论依据,为蟾蜍耳后腺单细胞组学研究提供参考信息.
关键词：单细胞转录组测序中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因实时荧光定量PCR
分类号：S865.9:Q781(狩猎、野生动物驯养)
资助基金：山东省重点研发计划(乡村振兴提振计划)项目(2022TZXD0035)日照市重点研发计划项目(2021ZDYF010118)
论文发表日期：2024-11-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：8( 133-140 )
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