洋葱WRKY基因家族鉴定及其在鳞茎发育过程中的表达分析
李艳伟
王振宝
杨妍妍
霍雨猛
孙亚玲
刘冰江
山东省农业科学院蔬菜研究所,山东济南 250100
摘要：为了探讨洋葱WRKY转录因子家族的功能,本研究基于洋葱全基因组和鳞茎不同发育时期的转录组数据,利用生物信息学方法筛选并鉴定到55个AcWRKY基因家族成员,其编码蛋自序列长度为144～683 aa,等电点为5.11～9.65,脂肪系数为47.14～77.24,均为亲水性蛋白.亚细胞定位预测结果表明,这55个AcWRKY蛋白都定位在细胞核中.进化树分析显示,洋葱WRKY家族基因分为Group Ⅰ、Group Ⅱ和Group Ⅲ三大类,其中Group Ⅱ组可进一步分为5个亚组,洋葱和拟南芥WRKY蛋白在各组中均有分布,推测相同组或亚组中洋葱与拟南芥的WRKY转录因子可能具有相似的功能.保守结构域分析发现,所有AcWRKYs均具有高度保守的WRKYGQK基序及其特有的锌指结构,少数成员存在保守结构域的变异.基因结构和保守基序分析结果显示,不同AcWRKY成员的外显子和motif在数量和分布上存在一定差异,同一组或亚组的成员表现出一定的相似性.转录组数据分析结果表明,绝大多数AcWRKYs基因直接或者间接参与了洋葱鳞茎的发育与形成.本研究结果可为深入研究AcWRKY基因在洋葱鳞茎形成中的机制提供参考.
关键词：洋葱WRKY基因家族生物信息学分析基因表达转录组分析
分类号：S633.2(蔬菜园艺)Q781(基因工程（遗传工程）)
资助基金：山东省农业科学院农业科技创新工程项目(CXGC2023F08)现代农业产业技术体系(CARS-24-A-10)
论文发表日期：2025-01-27
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：11( 1-11 )
英文信息