基于转录组测序鉴定和分析不同茎色黄芩的可变剪接事件
高妍夏1
王彬彬1
谢岩1
卢阳2
孙志超1
赵春颖2
王晖1
1.承德医学院蚕业研究所,河北 承德 0670002.承德医学院河北省中药研究与开发重点实验室,河北 承德 067000
摘要：可变剪接(AS)是一种常见的转录后调控机制,改变基因表达且增加蛋白多样性.大田栽培黄芩的茎部常呈现绿、紫两种颜色.植物呈色与花青素紧密相关,而 AS 调控花青素等黄酮类物质合成.本研究以黄芩绿茎、紫茎的表皮和皮层组织为对象进行转录组测序(RNA-seq),共组装获得 30 100 条 cDNA 序列和3 241条新转录本,鉴定到 5 种类型 AS 事件,即外显子跳跃(ES)、内含子保留(IR)、3'端可变剪接(A3'SS)、5'端可变剪接(A5'SS)、互斥外显子(MXE).用 JC(junction counting)、JCEC(junctions and exons combined count-ing)两种定量方法鉴定到的 AS 事件数量分别为 129 450、129 504 个,差异 AS 事件数量依次为 3 878、3 939个,分别分布在2 052、2 097 条差异AS 基因序列.上调表达可变剪接体数量少于下调表达的数量.在不同类型的 AS 事件中,随着可变剪接体数量的增加,基因数量呈现下降趋势.GO 注释分析表明差异 AS 基因主要富集在与物质代谢和叶绿体组分等相关的通路.KEGG 注释分析发现差异 AS 基因主要富集在糖类、氨基酸代谢通路等.鉴定到花青素合成相关差异AS 基因共62 个,包括MYB、bHLH、WD40 三类转录因子基因、花青素合成基因等.本研究结果可为探讨 AS 在黄芩不同茎色形成中的功能和作用机制提供有意义的参考.
关键词：黄芩茎色转录组测序可变剪接
分类号：S567.239(经济作物)
资助基金：河北省自然科学基金(H2022406031)承德市基础研究项目(202305B080)河北省(承德)中药材产业技术研究院开放性课题(CYKF202304)
论文发表日期：2026-02-28
在线出版日期：2026-05-22（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：13( 13-25 )
英文信息