红系细胞发育相关miR-196b的靶基因预测及意义
丁谨
刘芳
胡彩艳
施继禹
1.青海大学医学院,西宁,8100102.青海大学医学院,西宁,8100103.青海大学医学院,西宁,8100104.青海大学医学院,西宁,810010
摘要：目的 预测红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,并探讨其作用机制.方法 应用miRbase数据库查找多物种已知的miR-196b成熟序列,比对后分析其在多物种间的保守性.应用miRanda、miRDB、Targetscan7.1、PITA和miRWalk数据库对miR-196b的靶基因进行预测,筛选重复率较高的靶基因.应用Cytoscape3.3.0和KEGG对重复率较高的靶基因进行GO分类富集分析和信号通路富集分析.查阅文献,再次筛选与红系细胞发育相关的靶基因,采用Targetscan7.1和RNA22分析其与miR-196b的结合情况.结果 22个物种具有miR-196b成熟序列,序列比对发现miR-196b在多物种间高度保守.靶基因预测结果显示,共得到5 004个miR-196b的靶基因,其中重复率较高的靶基因有302个.GO分类富集分析结果显示,miR-196b靶基因在生物学过程显著富集于发育过程、细胞过程和定位等,在分子功能显著富集于蛋白结合和物质转运等,在细胞组分显著富集于细胞突起和细胞器膜等(P均＜0.05).结合信号通路富集分析结果,筛选出43个与红系细胞发育相关miR-196b的靶基因,其信号通路富集于Ras信号通路、cAMP信号通路和PI3K-Akt信号通路等(P均＜0.05).结合文献,最终筛选出与红系细胞发育相关的miR-196b靶基因有5个,分别为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2,其中GATA1、Cdkn1b和Cdh1可与miR-196b直接结合.结论 红系细胞发育相关miR-196b的靶基因可能为GATA1、Cdkn1b、Pld1、Cdh1和Ntrk2;miR-196b可能通过对上述靶基因的直接或间接作用激活相应信号通路,在红系细胞的发育过程中发挥生物学作用.
关键词：红系细胞miR-196b靶基因生物信息学
分类号：R555.1(血液及淋巴系疾病)
资助基金：国家自然科学基金(81441116)青海大学医学院中青年科研团队项目(2012-Z-729;2014-KT-1)
论文发表日期：2016-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 12-15 )
英文信息