银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析
何剑戈1
夏群2
吴凯楠3
杨凯锐4
贾栋4
李明昊5
1.中国人民武装警察部队后勤学院,天津300000;中国人民武装警察部队特色医学中心;中国人民解放军92126部队2.中国人民武装警察部队特色医学中心3.天津医科大学4.中国人民武装警察部队后勤学院,天津300000;中国人民武装警察部队特色医学中心5.天津中医药大学
摘要：目的 筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析.方法 选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因.用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路.结果 得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1.GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著.KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等.筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.结论 筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.
关键词：关节炎银屑病寡核苷酸序列分析计算机生物学
分类号：R684.3(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)
资助基金：国家自然科学基金(81572199)天津市应用基础与前沿技术研究计划(15JCYBYC50600)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 17-20 )
英文信息