食管癌甲基化驱动基因的筛选、功能及调控通路分析
谢俞宁
仵红娇
杨振邦
高慧
侯俊志
张雪梅
1.华北理工大学,河北唐山,0632102.华北理工大学,河北唐山,0632103.华北理工大学,河北唐山,0632104.华北理工大学,河北唐山,0632105.华北理工大学,河北唐山,0632106.华北理工大学,河北唐山,063210
摘要：目的 筛选食管癌甲基化驱动基因,并进行功能及调控通路分析.方法 搜集TCGA数据库中基因表达数据、DNA甲基化数据、临床信息完整的食管癌患者资料162例,记为肿瘤组;其中16例有癌旁对照资料,记为对照组.使用R语言MethylMix包综合分析两组患者的基因表达数据和DNA甲基化数据.R语言MethylMix包定义肿瘤组和对照组甲基化平均值的差值倍数为差异甲基化值(DM值),Spearman相关分析法分析基因表达与甲基化相关性,以l DM值|＞0、l相关系数(Cor)l ＞0.3为截断值筛选甲基化驱动基因.使用在线分析软件DAVID 6.8( 3.0( 筛选得到88个食管癌甲基化驱动基因,其中74(84.1％)个为高甲基化驱动基因,14个为低甲基化驱动基因.最可能发生甲基化的食管癌甲基化驱动基因有Makorin环指蛋白3(MKRN3)基因、人Fermitin家族同系物3(FERMT3)基因、含V-Set免疫球蛋白域蛋白2(VSIG2)基因等.在分子功能层面,食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合、转录因子活性、序列特异性、核酸结合;在生物学过程层面,食管癌甲基化驱动基因影响了转录调控、DNA模板化;在细胞成分层面,食管癌甲基化驱动基因影响了核组分、胞内组分.锌指蛋白家族如ZNF582、ZNF69、ZKSCAN7、ZNF583、ZNF568、ZNF454、ZNF790、ZNF880等和SOX1基因被富集在了多个GO中.食管癌甲基化驱动基因主要参与了乙醛酸和二羧酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢通路,碳代谢通路及谷胱甘肽代谢通路的调控.结论 食管癌甲基化驱动基因有88个,以高甲基化驱动基因为主;最可能发生甲基化调控的食管癌甲基化驱动基因有MKRN3基因、FERMT3基因、VSIG2基因等;食管癌甲基化驱动基因主要影响了金属离子结合、DNA结合等分子功能,转录调控、DNA模板化等生物学过程,核组分、胞内组分等细胞成分;食管癌甲基化驱动基因主要调控代谢相关的多个通路.
关键词：食管癌DNA甲基化甲基化驱动基因癌症和肿瘤基因图谱数据库基因本体功能京都基因与基因组百科全书
分类号：R735.1(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81101483)河北省自然科学基金重点项目(H2017209233)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 18-21 )
英文信息