Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析
王猛1
陈莉1
靳旺杰1
孙朋辉1
王莎莎2
1.南方医科大学南方医院,广州,5105152.中山大学中山眼科中心/眼科学国家重点实验室
摘要：目的 分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒(简称脊灰病毒)基因密码子使用偏好性.方法 从NCBI基因数据库(GenBank)检索并筛选出40条Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,计算其相对同义密码子使用度(RSCU)值、有效密码子数(ENc)值.将Ⅰ型脊灰病毒基因中碱基C和G位于第三位的密码子占所有密码子的百分比[(C±G)3％]与ENc值进行关联性分析,绘制散点图,并与(C±G)3％标准曲线进行比较.采用主成分分析法对Ⅰ型脊灰病毒基因密码子的RSCU值进行分析,并利用分析获得的主因子绘制散点图,观察不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性.结果 Ⅰ型脊灰病毒基因密码子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密码子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5.Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值为53.633.40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于(C±G)3％标准曲线以下.2009年之前分离出来的毒株均位于图的下方,2009年之后分离于不同国家或地区的毒株分别聚集于图的一处.结论 Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA、UCA、GUG等密码子的使用上偏好性较强,在GCG、CGA、CGG、CGC、UCG、ACG等密码子的使用上偏好性较弱.Ⅰ型脊灰病毒在密码子使用偏好性上处于较弱水平.自然选择在Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性上起主要作用,不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用模式差异较大.
关键词：脊髓灰质炎病毒密码子密码子使用偏好性自然选择
分类号：R373.13(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 13-17 )
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