COPD相关差异表达基因筛选、生物学功能分析及其编码蛋白互作网络分析
刘兆宇
胡腊
曾子成
林海
李明
易高
姚文霞
1.广州医科大学附属第五医院,广州,5107002.广州医科大学附属第五医院,广州,5107003.广州医科大学附属第五医院,广州,5107004.广州医科大学附属第五医院,广州,5107005.广州医科大学附属第五医院,广州,5107006.广州医科大学附属第五医院,广州,5107007.广州医科大学附属第五医院,广州,510700
摘要：目的 分析慢性阻塞性肺病(COPD)患者肺组织中差异表达基因及其编码蛋白的互作关系,筛选出COPD相关的关键基因.方法 从NCBI公共数据平台GEO数据库下载COPD表达谱数据集GSE57148,采用R软件及其扩展包对表达谱数据进行处理和分析,获得差异表达基因,并通过STRING、Cytoscape等对差异表达基因进行生物学功能分析及编码蛋白互作分析.结果 一共获得117个基因为差异表达基因,其中发生上调的基因有63个,发生下调的基因有54个;信号通路分析发现这些基因主要富集于细胞外基质形成、胶原纤维化形成和氧化激活通路等.蛋白网络互作分析发现VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1、F13A1为差异表达基因中的Hub基因.结论 COPD肺组织中共有117个基因差异性表达,上调表达基因63个,下调基因54个;这些差异性表达基因主要参与细胞外基质改变、纤维化和氧化还原活性等信号通路;VWF、FGG、IGF1、F5、RPS15、RPS12、SEC61B、THBS1和F13A1为Hub基因,可能在COPD的疾病进程中发挥了关键作用.
关键词：慢性阻塞性肺病生物信息学差异表达基因蛋白互作网络
分类号：R563.9(呼吸系及胸部疾病)
资助基金：国家自然科学基金(81400013)国家自然科学基金(31500142)国家自然科学基金(81873419)广东省自然项目(2018A030313587)广州市科技计划(201804010018)
论文发表日期：2019-01-01
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 13-16 )
英文信息