人丝裂原活化蛋白激酶相关蛋白1在肝细胞癌中转录调控的生物信息学分析
张玲玲
曹辉
白班俊
钟竹
杨菁
许钟
1.贵州大学医学院 贵州省人民医院,贵阳5500022.贵州大学医学院 贵州省人民医院,贵阳5500023.贵州大学医学院 贵州省人民医院,贵阳5500024.贵州大学医学院 贵州省人民医院,贵阳5500025.贵州大学医学院 贵州省人民医院,贵阳5500026.贵州大学医学院 贵州省人民医院,贵阳550002
摘要：目的 利用生物信息学技术分析及预测人丝裂原活化蛋白激酶相关蛋白1(MAPKAP1)基因表达有关的转录调控机制,为深入研究人MAPKAP1基因与肝癌的关系提供基础.方法 从美国国家生物技术信息中心在线核苷酸数据库(Gene Bank)检索人MAPKAP1基因,获得其基因启动子区序列;通过在线软件预测分析启动子区转录因子结合位点,应用在线基因数据库Liveratlas提取肝癌组织中表达上调的基因,取交集获得目标转录因子.通过TCGA数据库提取筛选出的转录因子与MAPKAP1的肝癌基因芯片表达结果 ,采用GraphPad Prism 5统计软件行相关性分析.结果人MAPKAP1基因在肝脏及肝癌中转录本全长1689 bp,位于转录起始位点-1470 bp至+218 bp.取交集获得目标转录因子共有13个,即C/EBP、CNBP、CTCF、DBP、IRF2、LEF1、NF1、NFKB1、PAX8、SMAD4、Sp3、SRF、YY1.相关性分析显示,转录因子C/EBP、DBP、LEF1与MAPKAP1表达呈正相关(r分别为0.1513、0.2356、0.1553,P均﹤0.01),CNBP、CTCF、IRF2、NF1、NFKB1、PAX8、SMAD4、Sp3、SRF、YY1与MAP-KAP1表达无明显相关(P均﹥0.05).结论 通过生物信息学技术分析及预测,在人肝癌中C/EBP、DBP、LEF1与MAPKAP1表达呈正相关,这些转录因子可能参与MAPKAP1基因表达的转录调控.
关键词：MAPKAP1基因转录因子mTOR蛋白生物信息学肝细胞癌
分类号：R735.7(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81860439)
论文发表日期：2020-01-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 6-9 )
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