脑胶质瘤组织中差异表达基因的生物信息学分析及肿瘤发生发展关键调控基因筛选
郑诗豪
陈忠仪
黄绍崧
刘宇清
黄绳跃
1.福建省立医院,福州3500012.福建省立医院,福州3500013.福建省立医院,福州3500014.福建省立医院,福州3500015.福建省立医院,福州350001
摘要：目的 采用生物信息学方法分析脑胶质瘤组织与正常脑组织间的差异表达基因,并筛选脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.方法 选取GEO数据库中编号为GSE2223的脑胶质瘤表达谱芯片,利用R语言limma包筛选出芯片中脑胶质瘤与正常脑组织的差异表达基因.使用R语言的org.Hs.eg.db包对差异表达基因进行GO功能富集,利用DAVID 6.8( 共筛选出107个差异表达基因,其中上调的基因48个、下调的基因59个.对差异表达基因的GO功能富集结果显示,差异表达基因在细胞组分上的改变主要表现在运输囊泡膜、神经远端轴突、神经轴突等结构上,分子功能变化主要集中在突触融合蛋白、钙调蛋白、磷脂酶结合蛋白等功能上;生物学过程体现在神经递质分泌、运输及释放、突触囊泡周期的调节等生物学过程上.KEGG信号通路分析结果显示,差异表达基因与肿瘤蛋白聚糖通路、催产素信号通路、胰岛素分泌通路等有关.PPI网络图中蛋白间相互作用对数前20的差异表达基因分别为CAMK2A、CPLX2、SYP、RAB3A、GABRA1、TYROBP、CAMK2B、NEFL、STXBP1、VSIG4、GAD2、RBFOX1、HPCAL4、NRGN、PNMAL2、CDK5R2、LGI3、ABCA1、COL4A2、ITPR1.结论 与正常脑组织相比,脑胶质瘤组织中有107个差异表达基因;差异表达基因与神经元活动相关,参与介导肿瘤蛋白聚糖、催产素信号等通路;CAMK2A、CPLX2、SYP、RAB3A等20个差异表达基因可能为脑胶质瘤发生发展的关键调控基因.
关键词：脑胶质瘤差异表达基因生物信息学分析关键调控基因
分类号：R739.41(神经系肿瘤)
论文发表日期：2020-07-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 6-9 )
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