基于GEO数据库对慢性乙型肝炎中关键miRNAs筛选及其生物信息学分析
王庆辉
钱惠忠
张媛媛
夏卫
刘晓
郝庆钦
1.无锡市中心血站,江苏无锡2140002.无锡市中心血站,江苏无锡2140003.无锡市中心血站,江苏无锡2140004.无锡市中心血站,江苏无锡2140005.无锡市中心血站,江苏无锡2140006.无锡市中心血站,江苏无锡214000
摘要：目的 应用生物信息学方法分析miRNAs在慢性乙型肝炎(CHB)肝组织中的表达变化及生物学功能.方法 在GEO数据库中获取GSE110217芯片数据,使用R语言筛选差异表达的miRNAs;使用miRDB、miRTarBase、Tar-getScan数据库预测其靶基因,进一步采用DAVID软件对目的 基因进行生物学功能(GO)分析,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对基因进行生物通路富集分析,筛选靶基因所涉及的有意义的生物学功能和通路靶基因;采用String和Cytoscape软件进行靶基因蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选关键靶基因;使用Transmir数据库在线预测和富集分析,筛选miRNAs的转录因子;以富集在乙型肝炎(hsa05161)通路上的靶基因为基础,构建转录因子-miRNAs-靶基因调控关系网络.结果 在CHB肝组织中共筛出33个差异性表达的miRNAs,其中10个上调、23个下调.这些miRNAs的靶基因主要参与转录调控、细胞分裂、凋亡过程负调控及细胞黏附等生物过程,涉及通路主要有乙型肝炎通路及PI3K/AKT、FoxO、Hippo信号通路等.经PPI网络分析筛选出16个核心靶基因,其中PRKCA、SMAD4、YWHAB、NRAS、MAPK8富集在乙型肝炎通路中.转录因子-miRNAs-靶基因调控关系网络显示,共有21个靶基因涉及乙型肝炎通路,涉及的miRNAs分别为hsa-miR-218、-363、-30b、-513a-5p、-3652、-1、-214?、-145、-542-3p、-502-3p,这10个miRNAs的富集转录因子共25个.结论 在CHB患者肝组织中存在差异性表达的miRNAs,与乙型肝炎通路相关的hsa-miR-218等10个miRNAs可能在CHB的发生发展中发挥重要作用.
关键词：乙型肝炎病毒慢性乙型肝炎miRNAsGEO数据库生物信息学
分类号：R512.6(传染病)
论文发表日期：2020-09-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 19-23 )
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