基于数据库的胃癌相关差异表达基因筛选及生物学功能分析
张越时1
郭隽馥2
1.辽宁中医药大学医学检验学院,沈阳1008472.辽宁中医药大学教学实验中心
摘要：目的 基于数据库筛选胃癌相关差异表达基因,分析胃癌相关差异表达基因的生物学功能及相关信号通路,探索胃癌相关核心差异表达基因与胃癌预后的关系.方法 从GEO数据库选取胃癌相关基因芯片GSE79973、GSE54129,应用GEO2R分别筛选出两组芯片胃癌组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因,取交集后得到共有差异表达基因.应用DAVID对差异表达基因进行生物学功能及信号通路分析.采用STRING构建差异表达基因蛋白互作网络,应用Cytoscape软件的MCODE插件筛选胃癌相关核心差异表达基因.对核心差异表达基因与胃癌预后的关系进行分析.结果 相对于正常胃黏膜组织,胃癌组织差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要存在于胞外区、蛋白细胞外基质、细胞外基质、细胞外外泌体等部位,主要涉及细胞外基质受体相互作用、局部黏附、蛋白质消化和吸收、细胞色素P450代谢等相关通路.初步筛选出13个胃癌相关核心基因(COL1A2、BGN、THBS2、FN1、THBS1、COL1A1、COL4A1、SPARC、COL11A1、COL6A3、COL12A1、TIMP1、SPP1),除THBS1外,其余12个与胃癌不良预后明显相关(P均<0.05).结论 与正常胃黏膜组织相比,胃癌组织相关差异表达基因共164个,其中42个上调、122个下调,主要在胞外区、蛋白细胞外基质等部位,主要与细胞外基质受体相互作用、局部黏附等相关通路有关;13个胃癌相关核心基因COL1A2、BGN、THBS2等中有12个与胃癌不良预后相关.
关键词：胃癌相关基因胃癌生物信息学分析数据库
分类号：R735.2(消化系肿瘤)
资助基金：国家自然科学基金(81803855)博士启动基金(2019-BS-166)沈阳市中青年科技创新人才支持计划项目(RC190078)
论文发表日期：2020-09-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 29-34 )
英文信息