基于TCGA数据库建立胆管癌自噬相关基因预后预测模型及其应用
史华帝
左瑜芳
钟富兰
易小琼
徐祖敏
1.广东医科大学附属医院,广东湛江5240002.广东医科大学附属医院,广东湛江5240003.广东医科大学附属医院,广东湛江5240004.广东医科大学附属医院,广东湛江5240005.广东医科大学附属医院,广东湛江524000
摘要：目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库构建胆管癌自噬相关基因(ARGs)预后预测模型.方法 通过人类自噬数据库和分子特征数据库获得531个胆管癌ARGs.从TCGA数据库中选择CHOL队列的转录组和临床数据进行下载,包含胆管癌组织36例、正常胆管组织9例.采用Perl软件将原始测序数据进行合并,提取所有ARGs的表达数据;利用R软件对胆管癌组织和正常胆管组织中的ARGs进行差异表达分析,筛选出胆管癌组织中表达失调的ARGs,并进行GO功能富集和KEGG信号通路分析.利用单因素Cox及Lasso回归模型筛选关键ARGs,多因素Cox回归模型建立预后预测模型,根据关键ARGs的mRNA表达水平和风险系数计算每个患者的风险评分,按其中位数将胆管癌患者分为高风险组和低风险组,绘制生存曲线,比较两组的生存期.绘制预后预测模型的ROC曲线,评价其预测预后的敏感度和特异性.最后利用R软件构建基于关键ARGs的列线图,绘制校准曲线评估实际生存和预测生存的一致性.结果 与正常胆管组织比较,胆管癌组织中有324个表达失调的ARGs.这些ARGs主要涉及自噬、利用自噬机制的过程、大自噬、自噬的调节、凋亡等生物学过程和信号通路.经过单因素Cox和Lasso回归分析,筛选出5个关键ARGs,即VPS11、EVA1A、BNIP3、GABARAP、VPS4B.以这5个关键ARGs建立预测胆管癌患者预后的风险模型,风险评分=(-3.739×VPS11)+(1.691×EVA1A)+(1.734×BNIP3)+(5.776×GABARAP)+(-1.310×VPS4B).生存分析显示,高风险组的总生存时间低于低风险组,预测1年、2年、3年生存率的ROC曲线下面积均大于0.9.构建了基于5个ARGs的列线图(C指数为0.822,95％CI为0.721～0.924),另外,绘制预测1年、2年、3年生存率的校准曲线几乎都落在了45°的对角线上,提示该模型的准确性和区分能力较好.结论 成功构建了基于VPS11、EVA1A、BNIP3、GABARAP、VPS4B共5个关键ARGs表达的胆管癌预后风险预测模型,该模型可有效预测胆管癌患者的预后.
关键词：胆管癌预后风险模型列线图癌症基因组图谱数据库自噬相关基因
分类号：R735.8(消化系肿瘤)
资助基金：广东省自然科学基金(2020A1515010048)广东省中医药局科研项目(20201179)国家科技攻关计划(2019B01021)
论文发表日期：2021-01-14
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 6-11 )
英文信息