基于计算机分子模拟技术的PD-1单克隆抗体的抗原表位预测及初步验证
郝伟1
范冬梅1
袁向飞2
卢杨1
1.中国医学科学院血液病医院(中国医学科学院血液学研究所)实验血液学国家重点实验室国家血液系统疾病临床医学研究中心 天津市血液病细胞免疫治疗重点实验室,天津3000202.天津大学中西医结合医院,天津大学
摘要：目的 利用计算机分子模拟技术对筛选获得的四株鼠源程序性细胞死亡受体1(PD-1)单克隆抗体的抗原表位进行预测并通过实验对预测结果进行初步验证.方法 通过Discovery Studio(DS)分子模拟工作站的Model Antibody模块分别构建四株PD-1抗体3D1、1C7、2F6、2E7的三维立体模型.利用DS软件中ZDOCK和RDOCK模块,将所得四株抗体模型分别与PD-1晶体模型(PDB ID:3RRQ)进行生物大分子模拟对接和结合表位分析,得到四株抗体的抗原表位预测结果,并通过Western blotting法对预测结果进行初步验证.结果 成功构建出PD-1抗体3D1、1C7、2F6、2E7的Fab区模型,并得到四株抗体与PD-1蛋白的结合构型及分别的抗原表位,其中抗体3D1、2F6主要识别PD-1蛋白表面线性表位,而抗体2E7、1C7则以识别PD-1蛋白表面立体表位为主.Western blotting结果显示,将PD-1蛋白线性化后,抗体3D1、2F6结合能力较强,抗体1C7次之,抗体2E7结合线性表位能力最差.与计算机模拟结果相符.结论 通过计算机分子模拟技术成功预测四株PD-1抗体3D1、1C7、2F6、2E7与抗原的结合表位,Western blotting验证结果与计算机模拟结果相符.
关键词：程序性细胞死亡受体1抗原表位分子模拟技术免疫检查点单克隆抗体
分类号：R319(医用一般科学)
论文发表日期：2021-07-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：5( 36-40 )
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