结直肠癌的关键癌症驱动基因筛选及其生物学功能分析
王锦淼1
王颖2
周博昊2
王雷1
穆伟斌1
1.齐齐哈尔医学院医学技术学院,黑龙江齐齐哈尔1610032.常熟理工学院计算机科学与工程学院
摘要：目的 探寻结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)的关键癌症驱动基因(Cancer Driver Genes,CDGs),并探讨其生物学功能.方法 从癌症基因组图谱数据库中获取CRC基因组数据,从国际肿瘤基因组协作组数据库获取CRC基因表达数据.利用CRC突变基因数据构建CRC基因突变矩阵,利用突变基因表达数据构建CRC突变基因表达矩阵;从STRING数据库中获取CRC基因的蛋白质相互作用(PPI)网络,运用python软件将CRC基因突变矩阵、CRC突变基因表达矩阵和PPI数据整合,构建CRC高维突变基因加权网络,测算基因最大突变影响分数得分,得到CRC驱动基因,利用CGC数据库筛选CRC关键癌症驱动基因.利用STRING在线分析工具对CRC关键癌症驱动基因进行基因本体分析和京都基因和基因组数据库信号通路富集分析.结果 筛选出22个CRC关键癌症驱动基因,分别为ATM、TTN、PCDHGB3、LRP1B、PCDHA6、PIK3CA、SYNE1、PCDHGB2、KMT2C、BRAF、BMPR1A、PCDHGA8、PCDHGA5、FAT4、PCDHA8、APC、PCDHGA7、PCDHA10、PCDHA9及FBXW7.CRC关键癌症驱动基因的分子功能主要集中在钙离子结合、阳离子结合、金属离子结合等;生物过程主要集中在通过质膜黏附分子的同源性细胞黏附、通过质膜黏附分子的细胞—细胞黏附、细胞黏附等;细胞组成主要集中在质膜、质膜的组成部分、膜等;CRC关键癌症驱动基因的信号通路主要集中在大肠癌、FoxO信号通路、调节干细胞多能性的信号通路等.结论 CRC关键癌症驱动基因主要有ATM、TTN、PCDHGB3等.CRC关键癌症驱动基因的生物学功能主要集中在钙离子结合、质膜黏附分子的同源性细胞黏附、质膜等;主要通过大肠癌、FoxO信号通路、调节干细胞多能性等信号通路等发挥作用.
关键词：癌症驱动基因ATM基因TTN基因PCDHGB3基因质膜黏附质膜结直肠肿瘤结肠癌直肠癌
分类号：R735(消化系肿瘤)
资助基金：教育部人文社会科学研究项目(21YJAZH091)全国统计科学研究项目(2020LY074)江苏高校哲学社会科学研究项目(2021SJA1426)齐齐哈尔市科技计划联合引导项目(LHYD-202018)齐齐哈尔医学科学院临床科研基金项目(QMSI2019L-03)
论文发表日期：2022-10-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：4( 30-33 )
英文信息