氧化苦参碱调控肝细胞癌进展枢纽基因的筛选及其作用机制
钟国强1
林岩1
黄桂柳2
潘丽英1
韦丽军1
黄赞松2
1.右江民族医学院研究生学院,广西百色5330002.右江民族医学院研究生学院,广西百色533000;右江民族医学院附属医院消化内科广西肝胆疾病临床医学研究中心
摘要：目的 基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌(HCC)进展的枢纽基因,并分析其circ_0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制.方法 通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ_0031450的miRNA靶点,利用Cytoscape软件构建ceRNA网络.通过STRING网站构建蛋白—蛋白互作(PPI)网络文件,并导入Cytoscape软件进行可视化,利用MCODE插件筛选关键基因并创建其子网络.利用R软件基于CIBERSORT算法,筛选免疫浸润相关性最显著的基因LCK作为枢纽基因.对LCK进行免疫检查点相关性分析及基因集富集分析(GSEA分析);通过GEPIA2数据库预测与LCK相关的前150个基因,通过R软件对其进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;比较LCK高、低表达组的总生存期(OS),对氧化苦参碱及LCK进行分子对接.结果 共得到3个miRNA(miR-548c-5p、miR-548d-5p及miR-648)作为circ_0031450的靶点,得到28个mRNA作为miRNA及氧化苦参碱的靶点,并成功构建ceRNA网络、PPI网络及关键基因子网络.LCK表达与HCC免疫微环境中多个免疫细胞及免疫检查点的表达具有相关性(P均<0.05).GSEA分析及GO、KEGG富集分析结果显示,LCK主要参与T、B淋巴细胞的激活、分化及其受体信号、免疫应答、细胞因子相互作用及趋化因子信号等生物学过程或通路.LCK高表达组OS高于LCK低表达组(P<0.05),氧化苦参碱与LCK具有良好的结合活性.结论 氧化苦参碱可能通过作用于LCK并间接调控circ_0031450相关ceRNA机制,参与改变HCC的免疫微环境,从而影响HCC的发生与进展.
关键词：氧化苦参碱内源竞争RNALCK环状RNA_0031450微小RNA-548c-5p免疫微环境肝细胞癌
分类号：R735.7(消化系肿瘤)
资助基金：广西自然科学基金资助项目(2020JA140192)广西自然科学基金资助项目(2014GXNSFAA118143)广西科技基地和人才专项广西肝胆疾病临床医学研究中心研究课题(AD17129025)广西高校中青年教师科研基础能力提升项目(2021KY0562)研究生创新项目(YXCXJH2022003)
论文发表日期：2023-04-15
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 31-36 )
英文信息