银屑病发病关键基因筛选、与免疫细胞浸润关系及有治疗潜力的中药预测
潘素跃1
王朴1
黄巧1
胡敏1
彭怡1
李伟佳1
戚嘉慧1
刘凌宇1
江千帆1
何玉清2
1.广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系 广东医科大学医学系统生物学研究所,广东东莞 5238082.广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系 广东医科大学医学系统生物学研究所,广东东莞 523808;东莞市寮步医院皮肤科
摘要：目的 筛选银屑病发病关键基因,分析银屑病发病关键基因与免疫细胞浸润水平之间的关系,并筛选对银屑病有治疗潜力的中药,为研究银屑病的发病原因、发病机制提供参考.方法 在GEO数据库检索银屑病基因芯片,筛选出银屑病差异共表达基因(DEGs);通过WGCNA包筛选出银屑病相关性最高的基因模块;将获取的银屑病DEG s与银屑病相关性最高的模块取交集,获得银屑病高度相关DEG s,并对其进行GO分析、KEGG分析.采用MCC、DEGREE、EPC和 CLOSENESS算法从银屑病高度相关DEG s中筛选出与银屑病相关性更强的DEGs为银屑病发病关键基因.利用 CIBERSORT 反卷积法、Pearson相关分析银屑病发病关键基因与免疫浸润细胞比例的关系.通过将银屑病发病关键基因映射至 COREMINE medical数据库,筛选出对银屑病有治疗潜力的中药.结果 共筛选出 348 个DEG s.GO 富集分析显示DEGs主要富集在对外部生物刺激的反应、线粒体蛋白复合体、内肽酶活性、丝氨酸型肽酶活性等方面;KEGG 富集分析显示其主要涉及NF-κ B信号通路、Toll样受体信号通路、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、P53信号通路、IL-17信号通路等与银屑病发病相关的信号通路.最终得到了PCNA、CXCL8、S100A9、CCNB1四个银屑病发病关键基因.银屑病发病关键基因PCNA和CCNB1与中性粒细胞和活化的树突状细胞均呈正相关性,S100A9和CXCL8与单核细胞均呈负相关性(P均<0.05).有银屑病治疗潜力的中药为朴花、大黄等.结论 银屑病的四个关键基因PCNA、CXCL8、S100A9、CCNB1均与免疫浸润细胞比例存在较强相关性;对银屑病具有治疗潜力的中药为厚朴花、大黄.
关键词：银屑病差异表达基因免疫浸润细胞中药材反卷积法生物信息学
分类号：R758.63(皮肤病学与性病学)
资助基金：国家自然科学基金(81773312)广东省扬帆计划引进紧缺拔尖人才项目(201433005)东莞市社会发展重点项目(20211800905552)
论文发表日期：2023-09-25
在线出版日期：2025-08-15（本平台首次上网日期，不代表文献的发表时间）
页数：6( 37-42 )
英文信息